ממוזער|200px|סמל הרפובליקה ההלווטית (בו מופיע [[וילהלם טל)]]
ממוזער|200px|דגל הרפובליקה ההלווטית

'''הרפובליקה ההלווטית''' הייתה מדינה שהתקיימה לחמש שנים, מ-שווייץ המודרנית'''.

ב-צרפתיים לשטח שבו נמצאת כיום שווייץ. כתוצאה מכך, התמוטט האיחוד השווייצרי. ב-12 באפריל 1798, הרפובליקה ההלווטית הכריזה על עצמאותה; החלוקה לקנטונים והזכויות הפאודליות שונו. הכוחות הכובשים יצרו מדינה שמבוססת על רעיונות המהפכה הצרפתית. הרעיונות ה"מתקדמים" הללו נדחו בצורה נרחבת על ידי התושבים המקומיים, בעיקר במרכז האיחוד. בנידוולדן דוכא מרד על ידי הכוחות הכובשים.

האחדות לא הייתה ברורה בעתיד שווייץ. ניסיונות הפיכה היו רבים, אך הצרפתים נשארו בשלטון. הם בזזו ערים וכפרים רבים. יחד עם ההתנגדות הפנימית, בעיות כלכליות גרמו לכישלון הרפובליקה כמדינה. אי היציבות ברפובליקה הגיעה לשיא בשנים 1802-1803, כשכוחות צרפתיים נוספים נכנסו למדינה.

ב-19 בפברואר 1803 הציג נפוליאון בונפרטה את חוק הגישור, שהיה במהותו פשרה בין השלטון הישן והחדש. המדינה בוטלה.

קיימים שרידים של הרפובליקה ההלווטית בשווייץ המודרנית, כמו חלק מהקנטונים והחוקות.

thumb|Flagge der Helvetischen Republik
<!--schweizbezogen-->Die '''Helvetische Republik''' (franz. ''République helvétique'', ital. ''Repubblica elvetica'') war eine durch französischen Alten Eidgenossenschaft errichtete schweizerischen Geschichte wird ''Helvetik'' genannt. Die Bezeichnung der Schweiz als «Helvetien» orientierte sich dem damaligen Zeitgeist entsprechend am antiken Volk der Helvetier.

== Geschichte ==
=== Situation vor der Revolution ===
thumb|[[Frédéric-César de la Harpe|Frédéric-César Laharpe, Erzieher Zar Alexanders I. und Waadtländer Patriot]]
Die verschiedenartigen Staaten, die bis 1798 auf dem Boden der heutigen Schweiz die Französischen Revolution und 1798 nicht, ihre individuellen Verfassungen den Forderungen der neuen Zeit anzupassen. Auch eine Reform und Stärkung des gemeinsamen Bundes kam nicht zustande. Die Missstände in der Alten Eidgenossenschaft wurden nach 1789 aber immer offensichtlicher, da das Stäfner Memorial). Die Anhänger der Revolution, bzw. der politischen und gesellschaftlichen Reformen wurden in der Alten Eidgenossenschaft als «Patrioten» bezeichnet. Ihre zentralen Anliegen waren die Abschaffung der Privilegien der herrschenden Familien, Abschaffung der Untertanenverhältnisse, des Feudalismus, Einführung moderner Verfassungen, Wirtschafts-, Meinungs- und Handelsfreiheit.

thumb|left|Portrait von General [[Napoléon Bonaparte 1797]]
Die Lage blieb in der Alten Eidgenossenschaft aber trotz der Agitation der Patrioten bis 1797 relativ ruhig. Den Anstoss zum Sturz des Ancien Régime gab schliesslich die Gründung der Cisalpinischen Republik in Direktoriums in Norditalien gegen Österreich und Sardinien-Piemont kämpfte, fasste mit der Errichtung dieser Tochterrepublik die verschiedenen ehemaligen Staaten Norditaliens in einem französischen Vasallenstaat zusammen. Napoléon drängte deshalb aus strategischen Gründen auf eine Revolutionierung der Eidgenossenschaft, um eine Verbindung zwischen Frankreich und seinen neuen Einflussgebieten in Italien herzustellen. 

Zwischen Frankreich und der Eidgenossenschaft hatten bis zum Sturz Ludwigs XVI. ausgesprochen gute Beziehungen bestanden, weshalb die Eidgenossenschaft auch viele politische Flüchtlinge aus Waadt. Die anhaltende Agitation der französischen Emigranten in der Eidgenossenschaft lieferte Frankreich einen weiteren Grund, eine nachhaltige politische Veränderung in seinem Sinn zu fördern. Im Erste Koalitionskrieg beendet. Frankreich erhielt alle linksrheinischen Gebiete des Heiligen Römischen Reiches, womit auch die Angliederung des Fürstbistums Basel als Département du Mont Terrible an Frankreich sanktioniert wurde. Frankreich begann gleichzeitig, diplomatischen Druck auf die Eidgenossenschaft auszuüben und durch Geld und Propaganda die Patrioten zu unterstützen. Unterstützt wurde Frankreich dabei durch die im Exil lebenden Patrioten, vor allem durch den Waadtländer Frédéric-César Laharpe.

thumb|Der Basler Oberzunftmeister [[Peter Ochs in der Amtstracht eines helvetischen Direktors]]
Die französische Förderung der Patrioten in der Eidgenossenschaft fiel auf fruchtbaren Boden, insbesondere in jenen Landesteilen, die sich am stärksten benachteiligt sahen. Die Untertanengebiete der Ennetbirgischen Vogteien im Tessin schien ebenfalls nur noch eine Frage der Zeit zu sein. Grosse Unruhe breitete sich vor allem auch in den französischsprachigen Untertanengebieten Berns in der Waadt aus. Die Eidgenossenschaft sah sich nicht in der Lage zu reagieren. Die Gemeinen Herrschaften, sie möchten ihre Beschwerden schriftlich einreichen, kamen keine Entscheidungen zustande.

In Paris beschlossen gleichzeitig am 8./9. Dezember 1797 der französische Direktor Moutier, Zugewandten Ortes Biel schauten dem tatenlos zu. Weiter erklärte sich Frankreich zum Schutzherrn und Fürsprecher des Waadtlandes.

=== Die «Helvetische» Revolution 1798 ===
thumb|Die Helvetische Revolution und der «[[Franzoseneinfall» 1797/98]]
Die Revolution begann im Herrschaftsgebiet der Stadt Freiburg, Bern, Solothurn, Schaffhausen und zuletzt auch in Zürich gingen die Regierungen nun auf die Forderungen der Untertanen ein, begannen mit Verfassungsrevisionen und akzeptierten die Volkssouveränität und die Gleichberechtigung der Landschaft als Grundlagen der Reform.

Noch im Februar erklärten sich die meisten Gemeinen Herrschaften und ehemaligen Untertanengebiete für frei und wurden darauf von den ehemals herrschenden Orten in die Unabhängigkeit entlassen (Unterwallis und Toggenburg am 1. Februar; Sax am 5. Februar; die Republik der Landschaft St. Gallen am 14. Februar; Lugano, Mendrisio, Locarno und das Maggiatal am 15. Februar; der Thurgau am 3. März; das Rheintal und Sargans am 5. März; Werdenberg am 11. März; der Aargau, das Freiamt und Baden am 19./28. März; die Leventina, Bellinzona, Blenio und die Riviera am 4. April). Innerhalb weniger Wochen veränderte sich so die Alte Eidgenossenschaft von Grund auf. Die verschiedenen ehemaligen Gemeinen Herrschaften erklärten sich nun zu souveränen Kantonen und wünschten von den Dreizehn Alten Orten in die Eidgenossenschaft aufgenommen zu werden. Das französische Direktorium wollte jedoch keine Erweiterung der Alten Eidgenossenschaft, sondern eine Einheitsrepublik nach französischem Vorbild. Diesem Wunsch entsprach die von Ochs Mitte Januar vorgelegte Helvetische Einheitsverfassung, die in Frankreich gedruckt wurde und anfangs Februar überall in der Eidgenossenschaft kursierte. Von den konservativen und föderalistisch gesinnten Kreisen wurde die Verfassung allerdings vehement abgelehnt und als «Ochsenbüchlein» bezeichnet.

thumb|Vorschlag zur Neuordnung der Schweiz als Helvetische Republik vom 15. Januar 1798
thumb|left|Vereinigungsfeier von Stadt und Landschaft Basel um den Freiheitsbaum auf dem [[Münsterplatz (Basel)|Basler Münsterplatz am 20. Januar 1798. Das Aufrichten des Freiheitsbaums wurde in allen ehemaligen Untertanengebieten der Schweiz zum symbolischen Akt der Befreiung.]]
Die ehemaligen bernischen Untertanengebiete im Waadtland waren in der Zwischenzeit von französischen Truppen besetzt worden, um die Lemanische Republik gegen Bern zu schützen. Die Generale Brune und Schauenburg rückten am 1. März auf Befehl des Direktoriums mit ihren Truppen vom Jura und vom Waadtland her gegen Bern vor, das vom Direktorium als Kern der Opposition gegen die Einheitsverfassung angesehen wurde. Der Widerstand Solothurns wurde bei Lengnau, der Widerstand Berns bei Fraubrunnen und Grauholz gewaltsam gebrochen; der Sieg der Berner bei Neuenegg blieb ohne Wirkung. Am 5. März besetzten französische Truppen die Stadt Bern.

=== Der Kampf um die neue Staatsordnung 1798 ===
thumb|Vorschlag zur Aufteilung der Schweiz in drei Republiken vom 16./19. März 1798 ([[Guillaume-Marie-Anne Brune|Guillaume Brune)]]
Über die neue Verfassung der Schweiz entbrannte zwischen Januar und März 1798 ein komplizierter Streit. Neben der in Paris abgesegneten Einheitsverfassung kursierten weitere Verfassungsentwürfe in den Kantonen, die je nachdem mehr oder weniger Autonomie für die Kantone vorsahen. Das Direktorium befahl deshalb am 27. Januar General Brune, die Eidgenossenschaft aufzuteilen, um primär die Verbindung zwischen Frankreich und Norditalien über die Pässe Simplon und Seeland, dem Wallis und dem Tessin; Hauptstadt sollte Lausanne sein.

Der Rest der Eidgenossenschaft sollte zwei Staaten bilden: Die Helvetische Republik aus zwölf Kantonen mit der Hauptstadt Aarau und der ''Tellgau'', bestehend aus der Innerschweiz und Graubünden. Auf die Intervention von Laharpe in Paris entschied das Direktorium sich schliesslich doch noch gegen den Teilungsplan, weshalb Brune am 22. März die Aufteilung widerrief. Der französische Regierungskommissär Marie Jean François Philibert Lecarlier verkündete der Schweiz darauf am 28. März, dass der Pariser Entwurf der Helvetischen Verfassung verbindlich sei und befahl die sofortige Konstituierung der Helvetischen Republik. Am 12. April fanden sich unter Druck der französischen Besatzung in Aarau 121 Deputierte der Kantone Aargau, Basel, Bern, Freiburg, Leman, Luzern, Oberland, Schaffhausen, Solothurn und Zürich ein und begründeten den neuen Einheitsstaat. Die Kantone der Inner- und Ostschweiz verweigerten den Beitritt. Als Nationalfarben legte man Grün, Rot und Gelb fest. Das erste helvetische Direktorium, die Regierung, bestand aus Johann Lukas Legrand, Pierre-Maurice Glayre, Urs Viktor Oberlin, David Ludwig Bay und Alphons Pfyffer. Durch geschickte Taktik bei den Wahlen konnten die gemässigten Republikaner alle Sitze für sich gewinnen; die Patrioten Ochs und Laharpe wurden nicht gewählt. Die Position des Direktoriums wurde dadurch von Beginn weg geschwächt, da die Patrioten das Direktorium nicht stützten und ihre guten Kontakte bei den Franzosen dazu verwandten, die Politik der Republikaner zu untergraben.

thumb|«''L’or de la Suisse achètera l’Egypte''». Französische Karikatur von 1798 auf die Finanzierung des Ägyptenfeldzugs durch die Ausplünderung der Eidgenossenschaft
thumb|left|Die Bevölkerung der Stadt Zürich schwört den Bürgereid auf die Helvetische Verfassung
Schon bei der Konstituierung der Helvetischen Republik war die Uneinigkeit der Kantone durch die Abwesenheit der Kantone aus der Innerschweiz und der Ostschweiz offensichtlich geworden. Die Landsgemeindekantone wollten ihre Souveränität nicht opfern, die zahlreichen kleinen, erst während der Helvetischen Revolution in die Freiheit entlassenen Ostschweizer Kantone und Republiken hielten an der gerade gewonnenen Freiheit fest und die alten Republiken Wallis und Drei Bünde sahen sich gar nicht mehr als Teil der Eidgenossenschaft. Besonders in den katholischen Gebieten lehnte die Bevölkerung unter dem Einfluss der Geistlichkeit die Helvetische Verfassung als «Höllenbüchlein» ab, wegen der Religionsfreiheit, die als Angriff auf die Kirche verstanden wurde. Die Patrizierfamilien fürchteten, ihren politischen Einfluss zu verlieren aber auch ihre Einkünfte, die sich vornehmlich aus den Pensionen des Söldnerwesens und den Einkünften aus den Untertanengebieten speisten.

thumb|[[Alois von Reding, Landeshauptmann von Schwyz, führender Vertreter der Föderalisten]]
Auf die friedlichen Bemühungen der französischen Gesandten und der Vertreter der Helvetischen Republik hin schlossen sich einzig Obwalden und nach einem zwölftägigen Ultimatum vom 11. April 1798 auch die Ostschweizer Staaten der Republik an. Uri, Schwyz, Zug und Nidwalden gingen darauf unter dem Kommando des Schwyzer Landeshauptmanns Freiamt, nach Rapperswil, Rothenthurm am 4. Mai 1798 in eine ehrenvolle Kapitulation einwilligen. Der Widerstand des Wallis wurde ebenfalls durch französische Truppen am 17. Mai gebrochen. Die Konstituierung der helvetischen Kantone Bellinzona und Lugano in den ehemaligen Ennetbirgischen Vogteien im Tessin erfolgte dann im Juli und August.

thumb|left|Historische Karte der Helvetischen Republik von 1798. Die neuen Grenzen der Kantone sind auf eine ältere Karte aufgedruckt
Die ursprüngliche Einteilung der Kantone der Helvetischen Republik wurde nach dem Widerstand der Innerschweiz noch einmal revidiert. Die Landsgemeindekantone Uri, Schwyz, Zug, Glarus, Appenzell und Kanton Waldstätte, Glarus mit dem Sarganserland zum Kanton Linth und Appenzell mit St. Gallen zum Kanton Säntis zusammengefasst. Das politische Gewicht der Landkantone wurde so im Senat von 48 auf 12 und im Grossen Rat von 40 auf 15 reduziert.

thumb|Karikatur auf die Helvetische Revolution: Während die Bevölkerung von Zürich um den Freiheitsbaum tanzt, schaffen die Franzosen den Staatsschatz weg (1848)
Ein grosses Problem für die Helvetische Republik stellte von Anfang an die französische Besatzung dar, der sie doch eigentlich ihre Existenz verdankte. Die Finanzierung der Besatzungskosten durch Kriegssteuern strapazierte die finanzielle Leistungsfähigkeit der Schweiz aufs Äusserste: Nicht nur hatte Frankreich das gesamte Staatsvermögen der Republiken Bern, Freiburg, Solothurn, Luzern und Zürich sowie ihre gesamten Zeughausbestände beschlagnahmt (allein aus Bern ca. 6 Millionen Francs in bar und 18 Millionen in Schuldverschreibungen), sondern es waren darüber hinaus auch noch weitere 16 Millionen Francs als förmliche Kriegssteuer zu entrichten, die das Patriziat aufbringen sollte. Mit dem Feldzug in die Schweiz soll – nach französischen Berechnungen – durch den französischen Staat die für damalige Verhältnisse ungeheure Summe von insgesamt 20 Millionen Francs eingenommen worden sein. Dabei sind die Kosten der Einquartierungen, Plünderungen, Unterschlagungen und die Bestechungsgelder nicht eingerechnet. Der grösste Teil der Gelder floss direkt in die Finanzierung des Ägyptenfeldzugs. Wegen der Lasten der Besatzung kam es zwischen dem helvetischen Direktorium und dem französischen Kommissär Jean-Jacques Rapinat zu ständigen Spannungen. Im Juni wurden deshalb auf dessen Druck die Direktoren Bay und Pfyffer abgesetzt und durch die Frankreich ergebenen Laharpe und Ochs ersetzt.

Das Verhältnis zwischen der Helvetischen Republik und Frankreich wurde durch einen förmlichen Allianzvertrag am 19. August 1798 abschliessend geregelt. Beide Staaten verpflichteten sich zu wechselseitiger defensiven und offensiven Unterstützung – die faktische Neutralität der Schweiz unter französischem Schutz des 17./18. Jahrhunderts endete damit definitiv. Frankreich wurde die freie Benützung der Heeresstrassen durch das Wallis über den Graubünden und Vorarlberg mit ihr zu vereinen. Die Besatzungstruppen sollten drei Monate nach der Ratifikation des Vertrages zurückgezogen werden. Nach dem Austausch der Ratifikationsurkunden am 19.&nbsp;September 1798 wurde die Helvetische Republik diplomatisch auch von allen mit Frankreich verbündeten Staaten sowie von Spanien anerkannt.

=== Die Unterwerfung Nidwaldens und der Zweite Koalitionskrieg 1799 ===
thumb|Der römische Kaiser [[Franz II. (HRR)|Franz II., hier als Kaiser Franz I. von Österreich dargestellt (1832)]]
Der Kaiser des Heiligen Römischen Reiches, der Habsburger Franz II., erkannte die Helvetische Republik, die durch den Allianzvertrag zu einem französischen Vasallenstaat geworden war, nicht an. Aus diesem Grund flohen alle Feinde der Helvetischen Republik, sowohl die konservativen Aristokraten und Patrizier, als auch vergrämte liberale Föderalisten, in den Machtbereich Habsburgs und versuchten, vom Exil aus den Widerstand zu organisieren. Mit habsburgischem Geld wurde vornehmlich in der Ostschweiz agitiert. Der Plan der Exilanten richtete sich dahin, die noch nicht an die Helvetische Republik angeschlossenen Drei Bünde dazu zu bringen, den Kaiser um Schutz vor Frankreich anzurufen. Anschliessend sollten sich die Schweizer erheben und mit Hilfe habsburgischer Truppen das Land befreien und die alte Ordnung wieder herstellen.

Im August 1798 begann die Agitation erste Früchte zu tragen. Seit dem 12. Juli bestand die gesetzliche Pflicht, dass jeder Bürger der Republik einen Eid auf die Verfassung ablegen musste, in dem er gelobte, dem Vaterland und der Sache der Freiheit und Gleichheit treu zu dienen. In fast allen Kantonen wurde der Eid ohne Widerstand öffentlich geleistet, nur in Schwyz und Nidwalden weigerte sich wegen der Agitation der Kirche und der Exilanten ein Teil des Volkes und begann am 18. August den Aufstand gegen die Republik – auf Hilfe durch Habsburg vertrauend. Nach gescheiterten Vermittlungsversuchen marschierten französische Truppen am 9. September zum zweiten Mal in die Innerschweiz ein und brachen den Widerstand mit äusserster Härte (→Schreckenstage von Nidwalden). Anschliessend wurden alle verbliebenen Sonderrechte der Innerschweiz aufgehoben, und die helvetischen Räte siedelten im Oktober 1798 in die verfassungsmässige Hauptstadt Luzern über.

In den Drei Bünden eskalierte die Situation ebenfalls im August. Durch den Einfluss Habsburgs, der katholischen Kirche und der Patriziergeschlechter ergab eine Abstimmung unter den Hochgerichten der Drei Bünde am 29. Juli, dass nur 11 Hochgerichte für einen Anschluss an die Helvetische Republik, aber 34 klar dagegen gestimmt hatten. 16 wünschten eine Verschiebung des Anschluss, bis sich die Situation in der Helvetischen Republik geklärt hätte. Die Patrioten begannen nun, in den revolutionär gesinnten Gerichten trotzdem Freiheitsbäume aufzurichten. Die Gerichte Maienfeld und Malans, ein gemeinsames Untertanengebiet der Bünde, ersuchten um Aufnahme in die Helvetische Republik. Die Regierung der Drei Bünde rief daraufhin den Kaiser um Hilfe an, und österreichische Truppen besetzten am 18. Oktober 1798 das Land. Die Patrioten mussten in die Helvetische Republik flüchten.

thumb|left|Der französische General [[André Masséna]]
Inzwischen begann in Italien ein Krieg zwischen Frankreich und den Verbündeten Sardinien-Piemont und Neapel. Ende Oktober 1798 verlangte Frankreich von der Helvetischen Republik die Stellung von 18'000 Mann Hilfstruppen. Der neue Kommandant der französischen Armee in Helvetien, Zweiten Koalitionskrieg gegen die habsburgischen Lande. Die französischen Generäle Masséna und Demont besetzten die Drei Bünde und am 29. März ersuchte die provisorische Regierung der zurückgekehrten Bündner Patrioten die Helvetische Republik um die Einverleibung, die am 21. April vollzogen wurde.

thumb|Der «Dichtergeneral» der Helvetischen Republik, [[Johann Gaudenz von Salis-Seewis]]
Nach den Niederlagen Frankreichs in Deutschland und Italien im März/April 1799 wandelte sich die strategische Lage schlagartig zu Ungunsten der Helvetischen Republik. Die Truppen der Koalition rückten gleichzeitig von Süden, Osten und Norden gegen die Alpenpässe vor. Am 13. April besetzten die habsburgisch-österreichischen Truppen Augustin Keller wurde zum General der helvetischen Truppen ernannt, Johann Gaudenz von Salis-Seewis zum Generalstabschef. Bis am 20. April kamen ca. 22'000 Mann helvetische Truppen zusammen, die jedoch schlecht ausgerüstet und untrainiert waren. Das Direktorium erhielt aber von den Räten vorläufig nicht die Erlaubnis, Habsburg-Österreich den Krieg zu erklären, da eine relativ grosse Fraktion nach wie vor darauf hoffte, den Konflikt noch zu vermeiden.

Die Nähe der feindlichen Truppen, denen die Urseren und Disentis verwüsteten erneut ganze Landstriche.

General Masséna verfügte in Helvetien insgesamt über 60'000 Mann französische Truppen, die entlang des Rheins verteilt waren – ausser Soults rund 10'000 Mann, mit denen die innere Ordnung aufrecht erhalten wurde. Auf der anderen Seite des Rheins standen drei Armeen mit rund 100'000 Mann unter den Kommandeuren Ersten Schlacht bei Zürich am 4. Juni 1799 musste Masséna sich zurückziehen, die Österreicher besetzten auch die Innerschweiz, das Tessin und das Oberwallis. Im Gefolge der kaiserlichen Truppen kehrten die Emigranten in die «befreiten» Gebiete zurück und versuchten, ihre verlorene Herrschaft wieder aufzurichten, etwa Fürstabt Pankraz Forster in St. Gallen. Geistiger Führer der restaurativen Kräfte war der Berner Staatsrechtler Karl Ludwig von Haller. Eine von ihm veröffentlichte revidierte Verfassung für die Eidgenossenschaft sah eine Wiederherstellung der Souveränität der Dreizehn Orte und der Untertanengebiete vor. Der Staatenbund sollte allerdings eine stärkere Zentralgewalt erhalten als vor 1798. Natürlicherweise stiessen diese Pläne in den von der Revolution befreiten ehemaligen Untertanengebieten auf wenig Gegenliebe, und die von Österreich erhoffte Erhebung der freien Schweizer gegen die französische Besatzung stellte sich nicht ein.

thumb|Die Armee des russischen Generals [[Alexander Wassiljewitsch Suworow|Suworow überquert die Alpen. Heroisierende Darstellung aus Russland (1899)]]
Die Helvetische Republik geriet durch die drohende französische Niederlage in Bedrängnis. Das helvetische Heer löste sich im Chaos des Rückzuges nach der ersten Schlacht bei Zürich auf. Nur die Truppen aus den österreichisch besetzten Kantonen Thurgau, Säntis und Zürich blieben bei der Fahne. Am 25. Juni zwang das helvetische Direktorium Peter Ochs zum Rücktritt, weil er als Parteigänger Frankreichs galt. Man hoffte durch diesen Schritt doch noch in letzter Minute von Frankreich und der Koalition die Neutralität zugestanden zu bekommen. Das Blatt wendete sich allerdings schon am 13. August wieder zugunsten Frankreichs. General Masséna setzte zum Gegenschlag an, vertrieb innerhalb von vier Tagen die österreichischen Truppen aus der Ostschweiz und besetzte das Gotthardgebiet und das Glarnerland. Die Koalition plante darauf, durch einen konzentrischen Angriff Masséna zu vernichten: Aus dem Norden und Süden her zogen die russischen Generäle Korsakoff und Suworow gegen die Schweiz, im Osten wartete Hotze im Linthgebiet auf das Eintreffen der Russen, um im entscheidenden Moment ebenfalls loszuschlagen. Masséna kam der Koalition aber durch einen Gegenangriff zuvor. Am 25./26. August wurden Hotze bei Zweiten Schlacht bei Zürich geschlagen. Suworow gelang zwar unter hohen Verlusten die Überquerung des Gotthardpasses, er musste jedoch seine Armee von Altdorf aus über den Pragelpass und den Panixerpass ins österreichisch besetzte Graubünden retten und schliesslich auch dieses räumen.

Der Zweite Koalitionskrieg hatte die Helvetische Republik bis an die Grenzen ihrer Leistungsfähigkeit gebracht. Zwar wurden überall nach der französischen Rückeroberung die Freiheitsbäume wieder aufgerichtet, aber die Begeisterung hielt sich angesichts enormer Kriegsschäden und erneuter Kontributionen in Grenzen. General Masséna verbrachte nämlich mit seiner ganzen Armee auch noch den Winter in der Ostschweiz. Berühmt geworden sind die gut dokumentierten Kriegslasten des Urserentals: 1034 Einwohner der Talschaft hatten im Sommer/Herbst 1799 die Einquartierung von insgesamt 48'044 Offizieren und 913'731 Soldaten aller Kriegsparteien erlebt und praktisch ihre gesamte Viehhabe, ihren Besitz und ihre Vorräte verloren. Daneben war 1799 auch eine Missernte zu beklagen gewesen, weshalb Teuerung, Elend und Verzweiflung sich breit machten. Die Helvetische Regierung sah sich mangels Steuereinnahmen und daher chronisch leerer Kasse kaum dazu in der Lage, den verwüsteten Kantonen Hilfe zu leisten.

===Der erste Staatsstreich vom 8. Januar 1800===
thumb|[[Hans Conrad Escher von der Linth|Hans Konrad Escher aus Zürich, einer der führenden Köpfe der Republikaner]]
Die Erschütterung der Helvetischen Republik durch den Zweiten Koalitionskrieg führte zu einer Spaltung der Anhänger der Revolution in zwei Gruppen. Neben den Patrioten, die sich als Volkspartei sahen und ihren stärksten Rückhalt in den ehemaligen Untertanengebieten der Stadtkantone bzw. den Gemeinen Herrschaften hatten, standen die Republikaner. Sie befürworteten zwar die Rechtsgleichheit und den Einheitsstaat, vertraten aber das liberale, gebildete städtische Bürgertum. Deswegen bekämpften sie das allgemeine Wahlrecht, das sie durch ein Hans Konrad Escher, Paul Usteri, Albrecht Rengger, Bernhard Friedrich Kuhn.

thumb|left|[[Paul Usteri, Herausgeber der Zeitschrift «Der Republikaner»]]
Nach der Erhebung Napoléons zum 1. Konsul im Dezember 1799 entzog Frankreich den radikalen Patrioten die Unterstützung und wandte sich den gemässigten Republikanern zu. Am 7. Januar 1800 gelang es deswegen den Republikanern, in beiden Kammern des helvetischen Parlaments einen Beschluss durchzubringen, mit dem die Direktoren Laharpe, Oberlin und Secrétan abgesetzt wurden und das Direktorium als Institution überhaupt abgeschafft wurde. An dessen Stelle trat nach dem Staatsstreich ein provisorischer Vollziehungsausschuss, bestehend aus den ehemaligen Direktoren Glayre, Dolder und Savary, dem ehemaligen Minister Finsler sowie dreier Vertreter der Republikaner, Karl Albrecht von Frisching, Franz Müller und Carl Heinrich Gschwend. Der Sturz der Patrioten beruhigte vorübergehend die politische Lage. Eine politische Amnestie ermöglichte den Emigranten die Rückkehr, womit die reaktionären Kräfte noch gestärkt wurden. Gegenüber Frankreich bestand der Vollziehungsausschuss energisch auf der Anerkennung der Neutralität und der Bezahlung der von der französischen Armee verursachten Kosten. Die Helvetische Republik blieb im weiteren Verlauf des Krieges wenigstens von Kampfhandlungen verschont und erhielt bis in den Sommer aus den durch Frankreich zurückeroberten Gebieten Schaffhausen, das Tessin und Graubünden zurück.

===Der zweite Staatsstreich vom 7. August 1800 ===
Die Regierung und das Parlament der Republik befassten sich seit dem Staatsstreich fast ausschliesslich mit der Frage, wie die helvetische Verfassung zu revidieren sei. Verschiedene Verfassungsentwürfe machten die Runde, die entweder durch ein kompliziertes Wahlverfahren über mehrere Stufen die Bürger faktisch entmachteten oder ein eher repräsentatives System vorsahen. Da Patrioten und Republikaner sich im Parlament nicht einigen konnten, verfügte der Vollziehungsausschuss am 7. August 1800 mit Unterstützung Frankreichs die Auflösung des Parlaments und das Inkrafttreten einer neuen Verfassung, die einen gesetzgebenden Rat von 43 Mitgliedern und einen Vollziehungsrat von 7 Mitgliedern vorsah. Der Vollziehungsausschuss bestimmte 35 Räte aus den Reihen des aufgelösten Parlaments, die ihrerseits weitere 8 Mitglieder bestimmten. Der so neu konstituierte Rat wählte schliesslich die neue Exekutive, der neben einigen Mitgliedern des Vollziehungsausschusses neu Karl Friedrich Zimmermann, Johann Jakob Schmid und Vinzenz Rüttimann angehörten.
thumb|[[Napoléon Bonaparte als Erster Konsul der französischen Republik. Lithographie von 1798/99]]
Seit den Staatsstreichen des Jahres 1800 versuchten alle Parteien der Schweiz, via Paris Einfluss auf die politische Entwicklung in der Helvetischen Republik zu nehmen. Man unterschied nun die Parteien nur noch nach Unitariern und Föderalisten. Während die ersteren die Beibehaltung des Einheitsstaates befürworteten und mehr oder weniger radikale Anhänger der Revolution waren, wollten letztere die kantonale Souveränität wiederherstellen und die Volkssouveränität zugunsten der Patrizier wieder einschränken. Der grösste Fürsprecher der Föderalisten in Paris war der französische Gesandte in Helvetien, Karl Friedrich Reinhard, während Pierre-Maurice Glayre die Unitarier und die helvetische Regierung vertrat. Im Januar 1801 überbrachte Albrecht Rengger einen geheimen Verfassungsentwurf an Glayre, der Napoléon vorgelegt werden sollte. Der Entwurf führte zwar den Einheitsstaat weiter, jedoch mit einem weit komplizierteren Institutionengefüge. Als wichtigste Neuerungen waren ein Präsident der Exekutive und die Einschränkung des Wahlrechts durch einen Zensus vorgesehen. Napoléon ging jedoch vorläufig nicht darauf ein, da er mit der Kriegsführung beschäftigt war und jedes Interesse daran hatte, die helvetische Regierung nicht zu sehr zu stärken.

Am 9. Februar 1801 endete mit dem Frieden von Lunéville der Zweite Koalitionskrieg. Die Friedensbedingungen zwangen Österreich zur Anerkennung der Helvetischen Republik. Zusätzlich wurde in geheimen Zusatzartikeln Frankreich auch das Recht eingeräumt, über deren Verfassung zu verfügen. Die territorialen Wünsche der helvetischen Regierung wurden nicht berücksichtigt, Napoléon liess sich von Österreich aber das Fricktal abtreten, das er gegen das Wallis tauschen wollte. Mit dem Bau einer neuen Heeresstrasse über den Simplonpass gedachte Napoléon die französischen Interessen in Norditalien abzusichern. Als weiteren Anreiz für den Tausch wurde der Helvetischen Republik die Anerkennung ihrer Neutralität durch Frankreich in Aussicht gestellt.

===Die Verfassung von Malmaison 1801 ===
thumb|left|Das [[Schloss Malmaison, private Residenz Napoléons und zeitweise Sitz der französischen Regierung 1799–1802]]
Am 29. April 1801 empfing Napoléon auf Landammänner standen dem Senat vor; ein vierköpfiger Kleiner Rat bildete unter dem Vorsitz der abwechselnd regierenden Landamänner die engere Exekutive. Die Tagsatzung trat eigentlich nur in Aktion, wenn ein Gesetzesentwurf des Senats nicht von mehr als 12 Kantonen angenommen war. Der Bundesebene standen die höhere Polizeigewalt, die Wehrhoheit, die Aussenpolitik, das Bildungswesen, das Zivil- und Strafrecht, das Salz-, Post-, Berg-, Zoll- und Münzregal zu. Die Verfassungen der Kantone waren nicht näher geregelt, ausser dass an ihrer Spitze ein vom regierenden Landammann zu wählender Statthalter stehen sollte. Im Vergleich mit der ersten helvetischen Verfassung bedeutete die Verfassung von Malmaison einen Sieg für die Föderalisten. Als besonderes Zugeständnis wurde auch der Kanton Waldstätte wieder in die vier ursprünglichen Kantone aufgeteilt. Als «bittere Pille» war das Wallis nicht mehr unter den Kantonen aufgeführt, sondern zur Annexion an Frankreich vorgesehen. Als Entschädigung sollte das Fricktal dienen, das von Österreich an Frankreich abgetreten worden war. Schliesslich wurde das allgemeine Wahlrecht insofern eingeschränkt, als dass Mindestvermögen für die Wählbarkeit in die Institutionen festgelegt wurden.<ref>Kölz, Neuere Schweizerische Verfassungsgeschichte, S. 138f.</ref>
thumb|Grenzen der Kantone gemäss der provisorischen Verfassung von Malmaison
thumb|[[Pierre-Maurice Glayre, führender Unitarier aus der Waadt]]
Der Gesetzgebende Rat der Helvetischen Republik sah sich faktisch gezwungen, dem Entwurf Napoléons nach einigen Tagen geheimer Beratungen am 29. Mai zuzustimmen. Die Föderalisten und die konservativen Kräfte waren von der neuen Verfassung allerdings enttäuscht. Sie hatten eine weitgehende Wiederherstellung der Zustände vor 1798 erhofft, insbesondere eine völlige Wiederherstellung der Souveränität der Kantone, die Berner gar die Wiedergewinnung der Waadt und des Aargaus. Im Juli fanden in allen Kantonen Wahlen zu den vorgesehenen kantonalen Tagsatzungen statt. Die Wahl erfolgte indirekt, wobei auf 100 Aktivbürger ein Wahlmann kam. Eine Einschränkung des Wahlrechts durch einen Zensus von 4000 Franken scheiterte am Widerstand der Patrioten. Daraufhin wurden in fast allen Kantonen mit mehr oder weniger Problemen Verfassungen beraten und eingeführt. Hauptstreitpunkt in den Stadtkantonen war überall die Gewichtung des Einflusses der Städte im Verhältnis zur Landbevölkerung. Die Wahlen zur Tagsatzung der Republik brachten einen Sieg der Unitarier, die fast zwei Drittel der 77 Sitze erhielten. Der Rest ging an die Patrioten und wenige Konservative.

===Der dritte Staatsstreich vom 27./28. Oktober 1801=== 
thumb|left|Bannerträger mit der helvetischen Trikolore
Die Tagsatzung trat am 7. September 1801 zum ersten Mal in Bern zusammen und begann sofort die Verfassung von Malmaison im Sinn der Unitarier und Patrioten zu revidieren. Dadurch verärgerte sie Napoléon, besonders da das Wallis wieder in die Reihe der Kantone eingefügt wurde. Die Föderalisten traten mit Rückhalt aus Paris in die Opposition, so dass sich bis 17. September die Abgeordneten von neun Kantonen aus der Tagsatzung zurückzogen. Schliesslich gelang den Föderalisten mit Unterstützung des neuen französischen Gesandten in der Schweiz, Raymond Verninac, und dem kommandierenden General der französischen Armee in Helvetien, Monchoisy, vom 27. auf den 28. Oktober 1801 in Bern mit einem Staatsstreich die Machtübernahme. Die Tagsatzung, der Vollziehungsrat und der gesetzgebende Rat wurden aufgelöst, die Regierungsgewalt provisorisch auf die Föderalisten Dolder und Savary übertragen. Alle Verfassungsänderungen wurden für ungültig erklärt, der im Napoléonischen Verfassungswerk vorgesehene 25-köpfige Senat fast ausschliesslich mit Föderalisten bestückt. Die Föderalisten konnten zwar den Einheitsstaat vorläufig nicht zerschlagen, sie säuberten aber die Verwaltung auf allen Ebenen von den Unitariern und Republikanern. Alois Reding, Aristokrat und Held des Innerschweizer Widerstands gegen Frankreich, wurde zum Ersten Landammann ernannt. Als zweiter Landammann amtete der Berner Aristokrat Johann Rudolf von Frisching – die beiden symbolisierten das Zusammengehen der konservativ gesinnten ländlichen und städtischen Eliten gegen die Revolution.

Napoléon verweigerte der neuen Regierung der Helvetischen Republik die Anerkennung. Reding und Frisching vertraten ja im Prinzip die aristokratische Schweiz und waren in der Vergangenheit gegenüber Frankreich feindlich eingestellt gewesen. Reding reiste deshalb persönlich nach Paris und unterbreitete dem Ersten Konsul Frankreichs die Forderungen und Anliegen der Föderalisten. Napoléon empfing Reding und sagte ihm sogar zu, in einigen Punkten seinen Anliegen entsprechen zu wollen (Abtretung des Fricktals, Wiedervereinigung der Jura-Südtäler mit Helvetien, Schaffung von neu 23 Kantonen, Gewährung der Neutralität), er verlangte aber im Austausch die Aufnahme von sechs Unitariern in den Kleinen Rat.
thumb|Karte der Helvetischen Republik mit den Kantonsgrenzen gemäss der föderalistischen Verfassung vom 27. Februar 1802

Obwohl so schliesslich sechs Unitarier in den Kleinen Rat aufgenommen wurden, blieben die Föderalisten und die Konservativen klar in der Mehrheit. Im Frühjahr berieten der Kleine Rat und der Senat über einen Verfassungsentwurf von David von Wyss, der zwar auf der Verfassung von Malmaison aufbaute, diese aber doch in mehreren Punkten stark im Sinn der Föderalisten veränderte. Die Niederlassungsfreiheit wurde wieder eingeschränkt, das Helvetische Bürgerrecht durch Kantons- und Gemeindebürgerrecht ersetzt, der Zensus deutlich erhöht und die einheitliche nationale Rechtssetzung und Gesetzgebung an die Kantone delegiert. Gegen den starken Widerstand der Unitarier wurde dieser Entwurf am 27. Februar 1802 vom Senat gebilligt. Weil sich die Föderalisten damit zu weit vom revolutionären Ideal weg bewegten, und wegen des anhaltenden Streits über die Zugehörigkeit des Wallis, zeigte sich Napoléon über die föderalistische Regierung und insbesondere Alois Reding mehr und mehr ungehalten, nicht zuletzt, weil Reding offenbar versuchte, in Österreich Rückhalt für seinen Widerstand in Bezug auf die Abtretung des Wallis zu finden.

=== Der vierte Staatsstreich vom 17. April 1802 ===
Am 2. April 1802 fand eine Volksabstimmung über den föderalistischen Verfassungsentwurf statt. Es stimmte jedoch nicht die gesamte Bürgerschaft, sondern nur die kantonalen Tagsatzungen ab, die in jedem Kanton durch eine zwölfköpfige Wahlkommission aus einer Liste der wählbaren Bürger des Kantons bestimmt wurde. Die Kommission wurde dabei zur Hälfte von den kantonalen Behörden bzw. vom helvetischen Senat ernannt. Dieses Abstimmungsverfahren sollte eine Abstimmung im Sinn der Regierung herbeiführen, da auf diese Weise eigentlich nur Vertrauensleute der Föderalisten in die Tagsatzungen hätten gewählt werden sollen. Trotzdem nahmen nur Appenzell, Baden, Solothurn und Zürich die Verfassung bedingungslos an. Die meisten Kantone stimmten zwar im Prinzip zu, verlangten aber grössere Änderungen (Basel, Bern, Freiburg, Glarus, Schaffhausen, Schwyz und Waadt), lehnten ganz ab (Aargau, Luzern, St. Gallen, Tessin, Thurgau, Zug) oder brachten keine fristgerechte Abstimmung zustande (Graubünden, Uri, Unterwalden). Dieses unklare Ergebnis bedeutete das Ende der föderalistischen Regierung.

Die Abwesenheit vieler katholischer Föderalisten über Ostern 1802 nutzten die Unitarier zu einem neuerlichen Staatsstreich. Auf Initiative Bernhard Friedrich Kuhns beschlossen am 17. April 1802 sechs Angehörige des Kleinen Rates die Vertagung des Senats und die Einsetzung einer Versammlung von Notabeln, um die Verfassungsfrage im Sinn der Unitarier zu lösen. Hirzel, Escher und Frisching traten deshalb von ihren Ämtern zurück. Reding wurde nach seiner Rückkehr nach Bern unter Tumult von seinem Amt abgelöst und durch Vinzenz Rüttimann ersetzt.

===Die Zweite Helvetische Verfassung 1802===
thumb|«Die politische Schaukel». Zeitgenössische Karikatur: Während der Erste Konsul als Mediator die aristokratisch-föderalen und die revolutionär-unitarischen Hanswurste auf der «politischen Schaukel» beschäftigt, reisst er sich das strategisch wichtige Wallis unter den Nagel
Am 30. April 1802 trat die Notablenverfassung zusammen, um wie vorgesehen über die neue Verfassung zu beraten. Da Albrecht Rengger und der französische Gesandte Raymond de Verninac sich bereits über einen Entwurf einig geworden waren, blieb der Versammlung nichts mehr anderes übrig, als diesen zu billigen. Diese sogenannte Zweite Helvetische Verfassung orientierte sich wie verlangt stark am napoléonischen Verfassungsentwurf von Malmaison. Die Zahl der Kantone wurde auf 18 festgesetzt, Senat und Tagsatzung wurden beibehalten. Auf 25'000 Bürger sollte ein Tagsatzungsmitglied kommen, mindestens jedoch eines pro Kanton.

Das Wahlverfahren war sehr kompliziert und deshalb eher undemokratisch. Jeder Kanton erhielt zwei Wahlkorps, ein vorschlagendes und ein ernennendes. Die Angehörigen des ernennenden Korps sind auf Lebenszeit bestimmt, das erste Mal vom Senat, später sollte dieses Korps sich selbst ergänzen. Wählbar in das vorschlagende Korps waren weiter nur Bürger mit einem gewissen Grundeigentum. Die konkrete Wahl lief dann so ab, dass die Aktivbürger eine Liste von Wählbaren zusammenstellten, aus der das vorschlagende Korps einige zur Wahl vorschlugen, von denen wiederum das ernennende Korps die genehmen Kandidaten für fünf Jahre in die Tagsatzung ernannte. Lange Amtsdauern sollten die Kontinuität sicherstellen. Als Exekutive war ein Vollziehungsrat vorgesehen, der aus einem Landammann, zwei Statthaltern und fünf Staatssekretären bestand. Die Amtsdauer der Exekutive betrug neun Jahre. Die Kantone erhielten einige Kompetenzen, ohne jedoch den Zentralstaat zu stark zu schwächen: Sie durften ihre Verfassung selbst festlegen, die Volksschule beaufsichtigen sowie die Besoldung der Geistlichen und den Unterhalt der Infrastruktur bestreiten. Weiter sollten im Rechtsbereich einige Kompetenzen an die Kantone abgetreten werden.

Der Kleine Rat legte die Zweite Helvetische Verfassung inklusive einer Namensliste von 27 Senatoren am 25. Mai dem Volk zur Abstimmung vor. Diese gilt als erste wirkliche Volksabstimmung auf dem Boden der heutigen Schweiz. Alle Bürger mussten innerhalb von vier Tagen mit «Ja» oder «Nein» zur Vorlage Stellung nehmen. Nichtstimmende wurden als Annehmende gewertet nach dem Rechtsgrundsatz «''qui tacet consentire videtur''» – «wer schweigt, scheint zuzustimmen». Sechzehn Kantone stimmten der Verfassung schliesslich zu, allerdings hatten nur 72'453 explizit mit «Ja» gestimmt. 167'172 Bürger hatten überhaupt nicht gestimmt – wurden aber als annehmend gewertet und 92'423 hatten abgelehnt. Am 2. Juli erklärte der Kleine Rat die neue Verfassung für angenommen. Der Senat trat am folgenden Tag zusammen und bestellte die Exekutive. Zum Landammann wurde durch den Einfluss des franz. Gesandten der Föderalist Johann Rudolf Dolder ernannt, die beiden Unitarier Rüttimann und Füssli als Gegengewicht als Statthalter eingesetzt.

Die neu konstituierte Republik musste sofort an die Lösung der dringenden Probleme mit Frankreich gehen. Im Gegensatz zur Regierung Reding wurde der neue Vollziehungsausschuss sofort anerkannt. In der Frage des Wallis fand sich ein Kompromiss, der darin bestand, dass Napoléon nicht mehr auf eine Abtretung an Frankreich bestand, sondern sich auch mit der Errichtung einer unabhängigen Republik Wallis unter französischem und helvetischem Schutz zufrieden gab. Dafür erhielt die Helvetische Republik aber auch nur das Fricktal im Austausch und nicht wie ursprünglich vorgesehen auch noch den Südjura mit Biel. Weiter musste endlich die finanzielle Sanierung der Republik in die Hand genommen werden. Dazu war schon seit der Aufhebung des Feudallastengesetzes am 15. September 1800 eigentlich der alte Bodenzins wieder eingeführt worden. Der Bezug der Einkünfte schuf aber nur weitere Probleme. Die Bauern als Hauptbetroffene gingen in Teilen der Schweiz im Frühjahr 1802 in den offenen Aufruhr über und stürmten wie 1798 die Schlösser, nun um die alten Dokumente zu vernichten, in denen die mittelalterlichen und frühneuzeitlichen Bodenzinsen festgehalten waren (→Bourla-Papey). Unklar war im Frühjahr 1802 jedenfalls immer noch die Frage, um welchen Preis die alten Grundlasten abzulösen seien.

=== Der Zerfall der Helvetischen Republik im «Stecklikrieg» ===
thumb|Die zweite Beschiessung der Stadt Zürich durch helvetische Truppen unter General [[Joseph Leonz Andermatt|Andermatt in der Nacht vom 12. auf den 13. September 1802]]
In dieser kritischen Situation kündigte Napoléon den Rückzug der französischen Truppen aus Helvetien an. Historiker haben Napoléon immer wieder unterstellt, er habe damit bewusst den Untergang der Helvetischen Republik herbeigeführt. Tatsächlich mag es eine gewisse Rolle gespielt haben, dass er durch seinen Geheimdienst sehr gut über die Lage in Helvetien informiert war und er genau wusste, dass die Helvetische Republik bald in Schwierigkeiten kommen würde und Frankreich dann als gütiger Retter auf Anfrage wieder zurückkehren könnte. Der Rückzug stand jedoch in Zusammenhang mit dem Frieden von Lunéville, in dem klar die Unabhängigkeit der Helvetischen Republik zwischen den Grossmächten vereinbart worden war. Der Rückzug der französischen Truppen wurde am 20. Juli 1802 der helvetischen Öffentlichkeit bekannt gemacht.

Währenddessen gingen die Kantone an die Ausarbeitung ihrer Verfassungen, die für die Kantone Aargau, Basel, Bern, Freiburg, Solothurn, Waadt, Zug und Zürich auch zustande kamen. In den übrigen Kantonen scheiterte die Erarbeitung einer Verfassung an der Agitation der reaktionären Elemente, die durch den Abzug der Franzosen Aufwind verspürten. In der Innerschweiz fanden im August Landsgemeinden statt und helvetisch gesinnte Bürger wurden durch Terror ausser Landes getrieben. Die aufrührerischen Kantone riefen dabei gleichzeitig den Schutz Napoléons wie auch des römisch- deutschen Kaisers an. Ihr Anführer war wie schon 1799 Alois Reding. Ein Vermittlungsversuch des französischen Gesandten Verninac verlief im Sande, der Vollziehungsausschuss setzte Anfang August Truppen unter General Pilatus zum Rückzug gezwungen wurde. Er musste sich darauf beschränken, die Stadt Luzern vor den Aufständischen zu schützen. Der Vollziehungsrat suchte in dieser Situation Rückhalt bei Napoléon, von dem man hoffte, er würde Druck auf die Gegner der Republik ausüben. Um eine Vermittlung zu ermöglichen, schloss der Vollziehungsrat am 7. September einen vorläufigen Waffenstillstand mit den aufständischen Kantonen ab.

Die offensichtliche Machtlosigkeit der Regierung gegenüber den Innerschweizern rief nun aber im ganzen Land die Verlierer der neuen Ordnung auf den Plan. Die Oligarchen und Patrizier, die ihre alten Vorrechte und Ämter eingebüsst hatten, die Städter, die ihre Monopole und Zünfte vermissten. In Zürich kam es im August zum Widerstand gegen die helvetische Regierung und zu Spannungen zwischen der Stadt und der Landschaft. Als der Vollziehungsausschuss Friedrich May zum Regierungskommissär ernannte und mit Truppen in die Stadt Zürich schickte, eskalierte die Situation. Zürich verschloss vor May seine Tore, worauf dieser zweimal, am 10. und am 13. September 1802 durch General Andermatt die Stadt mit Kanonen beschiessen liess. May liess sich schliesslich nach Verhandlungen auf den Kompromiss ein, dass er zwar in der Stadt seine Residenz beziehen durfte, aber keine Truppen aus der Landschaft oder andere helvetische Truppen die Stadt betreten durften. Dieser faule Kompromiss und das Vorbild der entschlossenen Gegenwehr Zürichs wirkte wie ein Signal für den Aufstand, der im sogenannten «Stecklikrieg», einem kurzen Bürgerkrieg im September/Oktober 1802 zum Ende der Helvetischen Republik führte. Im Verlaufe des Septembers lösten sich die Kantone Säntis und Linth in eine grössere Zahl Republiken auf mit direkt-demokratischen Landsgemeinden, die Kantone Thurgau, Lugano, Zug, Baden, Aargau, Basel und Schaffhausen fielen ebenfalls von der Regierung ab. Im Aargau sammelte sich ein Heer der Aufständischen und marschierte gegen die Hauptstadt Bern zu.