'''Malajų salyno istorija''' – daugiatautė Malajų salyne ir Malakos pusiasalyje klestėjusių valstybių istorija, kurią bendrai dalijasi šiuolaikinės valstybės Indonezija,  Malaizija, Brunėjus, Filipinai, Singapūras ir Rytų Timoras. Šią istoriją bendrai kūrė įvairios malajų-polineziečių grupės tautos, ir ji atspindi Indonezijos civilizacijos istoriją.
==Priešistorė==
Žmonės Malajų salyne apsigyveno jau 50 000 pr. m. e. Apie 200 pr. m. e. indų raštuose minima Dvipantara arba Dvipa Hindu karalystė Javoje.

==Pirmosios valstybės==
left|thumb|230px|[[Prambananas|Prambanano šventykla – vienas senosios hinduistinės architektūros pavyzdys]]
right|Malajų salyno valstybės iki 13 a
===Ankstyvosios prekybinės valstybės===
Pirmosios valstybės salyne susiformavo dėl indų kultūros ekspansijos į rytus. Todėl pirmiausia vystytis pradėjo buvo tos teritorijos, kurios buvo arčiausiai prekybinių kelių. 425 m. į salyną atkeliavo Indijos atnešta civilizacija ir aukštesnė kultūra: introdukuota indų rašto pavyzdžio rašymo sistema, filosofija, mokslo ir meno pasiekimai. 
 
Vienas pirmųjų kultūrinių židinių Malajų salyne buvo Transmalakinei prekybai, jau pirmaisiais mūsų eros amžiais pusiasalio pakrantėse kūrėsi pirmosios smulkios valstybės, tokios kaip Kedahas, Tambralinga, Ganga Negara ir kitos. 

Kitas svarbus kultūrinis židinys buvo Javos salos vakarinė dalis, gyvenama sundų tautos. Nuo II a. sundai sukūrė daug ankstyvų valstybių, tokių kaip Salakanagara, Tarumanagara, Sunda, Galuhas. Jų atsirado ir Borneo rytinėje pakrantėje (pvz., Kutajus).
===Šrividžaja===
Ankstyviausios imperijos regione yra artimai susiję su malajų tautos migracija. Ši tauta ilgainiui apgyvendino Vakarinę Sumatrą, Malaiziją, vakarų V a. kilo X a. suvienijusi nemažą jūrinę imperiją, apimančią Rytų Sumatrą, Vakarinę Javą, Vakarinį Borneo ir Malakos pusiasalį. Apie 670 m. kinų keliautojas ''Ching'' aprašo kelionę į Palembangą. Keliautojai mini auksakalystę (pakrantėse, bet ne salų gilumoje).
===Javiečiai ir Šailendrų dinastija===
Javos saloje gyvenusi javiečių tauta irgi kūrė savo valstybėles. Tai buvo ''Šailendra'' centrinėje Javoje ir ''Sandžaja'' – rytinėje. Jų klestėjimo metu buvo pastatytas Borobuduras. Apie 900 m. žinomas Javos karalius ''Balitungas''. Sandžajai, su sostine ''Mataramu'' laikinai pavyko suvienyti didžiumą Javos, netgi užimti Balį, tačiau 1006 pralaimėjo Šrividžajai. Išlikęs gyvas princas ''Airlanga'', pasaulio istorijoje žinomas kaip vienas teisingiausių valdovų, pamažėle atsikovojo savo teritorijas. Po jo mirties Java suskilo.

Balio sala irgi nuo senovės buvo valdoma atskirų valdovų, turėjo savo istoriją.

==Madžapadhito imperija==
''Pagrindinis straipsnis: Madžapahitas''
thumb|200px|left|Vartai senojoje Madžapahito sostinėje
11 a Nusilpus Šrividžajos ir Mataramo galybei, 13 a pradžioje susiskaldžiusioje Javoje susikūrė hinduistinė ''Singhasari'' valstybė, kurios istorija baigėsi 1292 m. Tada, įvykus sukilimui, naujasis valdovas ''Vidžaja'' perkėlė sostinę į ''Madžapahito'' (Trovulano) miestą. Taip pavadinta ir valstybė.

Karalystės pirmas ministras Gadjah Mada (valdė 1331-1364) sėkmingai valdė ir padėjo teisinius valstybės pamatus, suklestėjo menai. 

Naujoji valstybė ir dinastija, turinti didžiulių ambicijų, sugebėjo sukurti milžinišką imperija, ir tada pirmą kartą istorijoje Malajų salynas atsidūrė po vieno valdovo ranka, nors atskiri miestai ir sritys išlaikė nemažą savivaldą. Imperija driekėsi nuo Sumatros iki Filipinų ir Malaizijos iki Timoro. Tai buvo daugiatautė imperija, labai daug grįsta prekybiniais santykiais, paskleidusi Indonezijos civilizacijos pasiekimus (raštą, kultūrą, religiją, teisę) tolyn į Rytus, iki Molukų salų ir Filipinų. Tokiu būdu susiformavo ''Nusantaros'' (t.y. Malajų salyno), kaip kultūrinio vieneto sąvoka, buvo išrasti bendri simboliai ir sukurtas bendras identitetas. Pvz., dabartinė Indonezijos vėliava buvo atkurta remiantis Madžapahito vėliava.

==Islamo laikotarpis==
right|Svarbiausi sultonatai Indonezijoje 16 a
right|400px|Indonezija 17 a
Jau XIII a. pabaigoje Šiaurinėse imperijos dalyse (Ačehe, Pasajuje) pasirodė islamo pirkliai, ir Salyne budizmą bei hinduizmą ėmė keisti nauja religija, kuri labai stipriai paskatino Madžapadhito imperijos byrėjimą. 14 a pabaigoje įpėdinystės karo metu skaldantis Madžapadhitui, islamo plėtra dar labiau suintensyvėjo.
===Šiaurės Sumatra ir Malakos pusiasalis===
''Pagrindiniai straipsniai: Melakos sultonatas, Džohoro sultonatas, Ačeho sultonatas''

Pirmosios islamo valstybės kūrėsi šiaurės Sumatroje ir Malakos pusiasalyje. Viena pirmųjų buvo Samudera, kurioje formavosi naujoji, islamu paremta malajų salyno kultūra.

Viena žymesnių asmenybių XV a buvo Palembango pincas Melakos uostą. 1414 m jis atsivertė į islamą, tapdamas Melakos sultonu. malajų gyvenamas sritis (Malakos pusiasalį, rytų Sumatrą), ir tokiu būdu, padedamas Indonezijos piratų, kontroliuojantis pagrindinius „vartus“ į salyną. 

1511 m Melaką paėmus portugalams, valstybės sostinė perkelta į Džiohorą (Džiohoro sultonatas), iš kur dar šimtą metų išlaikyta hegemonija malajų teritorijose.

XVII a. Ačeho sultonatas, ilgai kovojęs su Džiohoro sultonatu, galiausiai įgijo hegemoniją Šiaurės Sumatroje ir Malaizijoje.

===Java===
''Pagrindiniai straipsniai: Demako sultonatas, Cirebono sultonatas, Mataramas''

Yrančio Madžapahito širdyje, Javos saloje nuo XV a. taip pat ėmė rastis musulmoniški sultonatai, tarp kurių svarbiausi buvo javiečių Demakas, sundų Cirebonas bei Bantenas. Jie galutinai sunaikino Madžapahito imperiją.

XVII a. Mataramo miesto valdovui ''Senopati'' nukariavus savo amžiną priešą – Demako sultonatą, susikūrė Mataramo valstybė. Senopati anūko ''Angung'' laikais nukariauta beveik visa Javos sala. Tai buvo stipriausia salyno valstybė.

===Balis ir Borneo===
Islamizacija sukėlė masines senosios hinduizmo ir budizmo kultūros propaguotojų migracijas į rečiau gyvenamas salas. Islamui įsigalint Javoje, daug Madžapadhito imperijos valdininkų migravo į gretimą Balio salą. Ši sala vienintelė salyne išsaugojo senąją hinduistinę kultūrą.

Kita migrantų kryptis buvo Borneo sala, kurios pakrantėse įsikūrė keletas valstybių: Bandžarmasinas, Kutajus, Sukadana ir kitos. 
===Brunėjus ir Filipinai===
''Pagrindiniai straipsniai: Brunėjaus sultonatas, Sulu sultonatas, Magindanao''

Istilah Sejarah Nusantara dalam tulisan ini dimaknai sebagai catatan mengenai rangkaian peristiwa yang terjadi di Kepulauan Indonesia sebelum berdirinya Republik Indonesia.

== Zaman pra-sejarah ==
Migrasi manusia purba masuk ke wilayah Nusantara terjadi para rentang waktu antara 100.000 sampai 160.000 tahun yang lalu sebagai bagian dari migrasi manusia purba "out of Africa". Selanjutnya kira-kira 2000 tahun sebelum Masehi, perpindahan besar-besaran masuk ke kepulauan Nusantara (imigrasi) dilakukan oleh ras Austronesia dari Yunan dan mereka menjadi nenek moyang suku-suku di wilayah Nusantara bagian barat. Mereka datang dalam 2 gelombang kedatangan yaitu sekitar tahun 2.500 SM dan 1.500 SM.

Bangsa nenek moyang ini telah memiliki peradaban yang cukup baik, mereka paham cara bertani yang lebih baik, ilmu pelayaran bahkan astronomi. Mereka juga sudah memiliki sistem tata pemerintahan sederhana serta memiliki pemimpin (raja kecil). Kedatangan imigran dari India pada abad-abad akhir Sebelum Masehi memperkenalkan kepada mereka sistem tata pemerintahan yang lebih maju (kerajaan). Tokoh Dewawarman adalah orang pertama yang memperkenalkan model tata pemerintahan yang lebih maju itu. Dewawarman melanjutkan dan memajukan wilayah kekuasaan tokoh Aki Tirem.

== Zaman pra-kolonial ==

=== Kerajaan Hindu/Buddha ===

* Kerajaan Salakanagara
* Kerajaan Tarumanagara
* Kerajaan Kutai
* Kerajaan Sriwijaya
* Kerajaan Sunda dan Kerajaan Galuh
* Kerajaan Kalingga
* Kerajaan Keritang
* Kerajaan Mataram (Mataram Kuno)
* Kerajaan Medang
* Kerajaan Kahuripan

* Kerajaan Kediri
* Kerajaan Kanjuruhan
* Kerajaan Janggala
* Kerajaan Singasari
* Kerajaan Majapahit
* Kerajaan Dharmasraya
* Kerajaan Pajajaran
* Kerajaan Blambangan
* Kerajaan Sailendra
* Kerajaan Sanjaya

* Kerajaan Isyana
* Kerajaan Negara Daha 
* Kerajaan Negara Dipa
* Kerajaan Tanjung Puri
* Kerajaan Nan Sarunai
* Kerajaan Kuripan
* Kerajaan Tulang Bawang

=== Kerajaan Islam ===

* Kepaksian Sekala Brak
* Kesultanan Aceh
* Kesultanan Asahan
* Kerajaan Kemuning
* Kerajaan Batin Enam Suku
* Kerajaan Indragiri
* Kesultanan Banten
* Kesultanan Bima
* Kesultanan Bulungan
* Kesultanan Buton
* Kesultanan Cirebon
* Kesultanan Lingga-Riau
* Kesultanan Deli
* Kesultanan Dompu
   
* Kesultanan Demak
* Kesultanan Gowa
* Kesultanan Jambi
* Kesultanan Kota Pinang
* Kesultanan Kutai
* Kesultanan Langkat
* Kesultanan Pajang
* Kesultanan Mataram
* Kesultanan Kartasura
* Kesultanan Pagaruyung
* Kesultanan Palembang
* Kesultanan Pontianak
* Kesultanan Samawa
* Kesultanan Sambas

* Kesultanan Serdang 
* Kesultanan Siak Sri Inderapura
* Kerajaan Tanjungpura
* Kesultanan Ternate
* Kesultanan Tidore
* Kerajaan Sumedang Larang
* Kasunanan Surakarta
* Kasultanan Yogyakarta 
* Mangkunagaran 
* Kadipaten Paku Alaman
* Kesultanan Malaka
* Kerajaan Pasai
* Kesultanan Banjarmasin
* Kesultanan Perlak
* Kesultanan Pasir
* Kesultanan Kotawaringin
* Kerajaan Pagatan
* Kerajaan Tidung
* Kerajaan Sambaliung
* Kerajaan Gunung Tabur
* Kesultanan Mempawah
* Kesultanan Kubu

== Zaman kolonial ==

=== Zaman Portugis ===
Keahlian bangsa Portugis dalam navigasi, pembuatan kapal dan persenjataan memungkinkan mereka untuk melakukan ekspedisi eksplorasi dan ekspansi. Dimulai dengan ekspedisi eksplorasi yang dikirim dari Malka yang baru ditaklukkan dalam tahun 1512, bangsa Portugis merupakan bangsa Eropa pertama yang tiba di kepulauan yang sekarang menjadi Indonesia, dan mencoba untuk menguasai sumber rempah-rempah yang berharga <ref name="RICKLEFSp24"> </ref> dan untuk memperluas usaha misionaris Katholik Roma. Upaya pertama Portugis untuk menguasa kepulauan Indonesia adalah dengan menyambut tawaran kerjasama dari Kerajaan Sunda.
 
Pada awal abad ke-16, Sunda, Sri Baduga (Prabu Siliwangi) mencari bantuan untuk menjamin kelangsungan pelabuhan utama kerajaannya itu. Pilihan jatuh ke Portugis, penguasa Malaka. Dengan demikian, pada tahun 1512 dan 1521, Sri Baduga mengutus putra mahkota, Surawisesa, ke Malaka untuk meminta Portugis menandatangani perjanjian dagang, terutama lada, serta memberi hak membangun benteng di Sunda Kelapa.<ref>{{cite book
  | last =Zahorka
  | first =Herwig
  | publisher= Yayasan Cipta Loka Caraka
  | title = The Sunda Kingdoms of West Java, From Tarumanagara to Pakuan Pajajaran with Royal Center of Bogor, Over 1000 Years of Propsperity and Glory
  | date =
  | year =2007
| url =
| accessdate =  }}</ref>

Pada tahun 1522, pihak Portugis siap membentuk koalisi dengan Sunda untuk memperoleh akses perdagangan lada yang menguntungkan. Tahun tersebut bertepatan dengan diselesaikan penjelajahan dunia oleh Magellan.