In Frisian Liudger (later canonized) to convert the Ethelbert, which produced many of the clerics who served in Charlemagne's chancelry. He built his church and cloister on the right bank of the Aa, on the height called the ''Horsteberg'': it was the monastery ("monasterium") from which Münster derives its name.  In 805 Liudger travelled to Rome to be  ordained the first bishop of Münster, and soon founded a school (The Gymnasium Paulinum is believed to have been founded as the monastery school in 797). The combination of ford and crossroad, marketplace, episcopal administration center, library and school, established Münster as an important center [http://www.kirchensite.de/index.php?myELEMENT=78003].

In the Middle Ages Münster was a leading member of the Hanseatic League. 

In 1534 the Anabaptists (specifically the Melchiorites), led by John of Leiden, took power in the Münster Rebellion and founded a democratic proto-socialistic state. They claimed all property, burned all books except the Bible, and called it the "New Jerusalem". John of Leiden believed he would lead the elect from Münster to capture the entire world and purify it of evil with the sword in preparation of Jesus's Second Coming and the beginnings of a New Age. However, the town was recaptured in 1535; the Anabaptists were tortured to death, their corpses were exhibited in cages, which can still be seen hanging on the Tower of St. Lamberti's steeple.

The signing of the Peace of Westphalia of 1648 at Münster and Osnabrück ended the Thirty Years' War and Eighty Years' War and was one of the foundations upon which modern Europe was built. It also guaranteed the future of the prince-bishop and the diocese; the area was to be exclusively Roman Catholic.

Die '''Geschichte der Stadt Münster''' in Westfalen umfasst mehr als&nbsp;1200 Jahre seit Gründung der Stadt und lässt sich darüber hinaus bis zu den vorgeschichtlichen Siedlungsplätzen zurückverfolgen. Als Sitz des Bischofs und wegen ihrer wichtigen Rolle während der Zeit der Hanse in Westfalen (neben Soest, Dortmund, Osnabrück und Hamm) war und ist sie politisches, kulturelles und wirtschaftliches Zentrum des Münsterlandes. Da die Täufer während ihrer Herrschaft in der ersten Hälfte des 16. Jahrhunderts das gesamte Archiv der Stadt vernichtet haben, sind die geschichtlichen Daten bis zu diesem Zeitpunkt teilweise nicht genau bestimmbar und beruhen auf Urkunden und Dokumenten, die nicht innerhalb der Stadt archiviert waren.
thumb|400px|right|Stadtwappen der Stadt Münster in der Schmuckfassung

==Vor- und Frühgeschichte==

Das münstersche Stadtgebiet gehörte nicht zu den herausragenden vorgeschichtlichen Siedlungsplätzen der Münsterländischen Bucht. Spuren der Jäger und Sammler der Steinzeit wie Feuersteinwerkzeuge und gestielte Pfeilspitzen sind zwar vorhanden, größere Fundplätze wurden jedoch nicht entdeckt. Aus der Bronzezeit wurden Flintdolche, bronzener Gräberschmuck und Bronzefibeln auf dem heutigen Stadtgebiet gefunden. Siedlungskontinuität in der Bronzezeit bis in die
vorrömische Geist hin. Er stammt aus der Hallstatt- oder La-Tène-Zeit.

==Römerzeit==

Auf dem Horsteberg, dem Hügel an der Aa, auf dem später der Dom errichtet wurde, sind germanische Siedlungsspuren aus der frühen römischen Kaiserzeit entdeckt worden. Jüngere Spuren stammen aus dem 2. und 3.&nbsp;Jahrhundert. Importe belegen enge Kontakte mit den linksrheinischen römischen Provinzen. Die Siedlungen wurden jedoch spätestens um 300 n. Chr. verlassen.

Die Archäologen schreiben diese Spuren der ''Rhein-weser-germanischen Fundgruppe'' zu. Nach den Berichten antiker Historiker wie Strabo müsste es sich bei den frühen Bewohnern um Brukterer gehandelt haben. Brukterer gehörten wohl auch zu den germanischen Verbänden, die sich erfolgreich gegen die römische Expansion gewehrt haben. Einer der im Jahre 9 n. Chr. in der Varusschlacht erbeuteten Legionsadler wurde jedenfalls 15 n. Chr. beim Rachefeldzug des Germanicus gegen die Brukterer zurückerobert.

Die jüngere Siedlung wird wohl nicht den Brukterern zuzuordnen sein, da diese –&nbsp;wie Tacitus schadenfroh berichtet<ref>Tacitus: Germania, 33</ref>&nbsp;– bei kriegerischen Auseinandersetzungen mit germanischen Nachbarstämmen vernichtend geschlagen und fast ausgerottet wurden. Vermutlich besiedelten die siegreichen Chamaven den Hügel an der Aa.

Brukterer, Chamaven und weitere westgermanische Völker haben sich im 3. Jahrhundert zum Stammesverband der Franken zusammengeschlossen.

==Altsächsische Siedlung==

Schätzungsweise seit dem 6. Jahrhundert lag im Bereich des Domplatzes die kleine sächsische Siedlung ''Mimigernaford''. Die Sachsen, ursprünglich beheimatet im Raum Holstein, breiteten sich im 3. und 4. Jahrhundert über das Elbe-Weser-Dreieck in Richtung England und nach Süden aus. Die Herkunft des Stammesnamens ''westfalai'', wie die westlichen Sachsen in den fränkischen Annalen bezeichnet werden, und sie sich auch wohl selbst bezeichnet haben, ist nicht genau geklärt. Eine Deutung verbindet den Wortstamm ''fal'' mit ''fahl, flachsfarben'' und bezieht ihn auf die Haarfarbe. Für die Namen der Siedlung Mimigernaford gibt es auch verschiedene Deutungen. Nach neueren Untersuchungen ist die Siedlung an der Furt über die Aa nach den Mimigernen benannt, den Sippenangehörigen eines Stammvaters namens Mimigern. Der Name wurde bis ins 10. Jahrhundert benutzt, allerdings häufig in der abgewandelten Form ''Mimigardeford''.

== Mittelalter ==
→ ''Hauptartikel: Entwicklung der Stadt Münster''

right|thumb|170px|Der [[Buddenturm – Überbleibsel der ursprünglichen Stadtbefestigung um 1200.]]

=== Früh- und Hochmittelalter ===
Das Jahr 793 gilt als offizielles Gründungsjahr Münsters: Im Auftrag Karls des Großen gründete der Friese Münster beziehungsweise Mimigernaford, wie es immer noch hieß, berufen. Zudem erhielt die Siedlung den Stand einer ''civitas'' (Doms wurden aufgenommen. Die Verleihung der Stadtrechte erfolgte jedoch erst einige Jahrhunderte später. Schätzungsweise um das Jahr 900 herum entstand um die inzwischen deutlich angewachsene Stadt ohne eigentliche Stadtrechte eine Wallanlage um den Dom herum. Innerhalb dieser Domburg begann die Ansiedlung der Roggenmarkt oder dem ''Alten Fischmarkt''. Neben der Landwirtschaft wandelte sich die Stadt zu einem wichtigen Handelspunkt.

thumb|left|Der Dom zu Münster
Aufgrund der immer größer werdenden Gemeinde wurde um 1040 östlich der Domburg die Lambertikirche als erste Marktkirche der Stadt gegründet, die von den Kaufleuten gestiftet wurde. Im Jahr 1068 erscheint dann erstmals mit „Monasterium“ ein neuer Name für die Stadt. Die wirtschaftliche Entwicklung hielt an bis zur Vertreibung des Bischofs aus der Stadt durch die Bürger, die sich nach dem Friedrich I. die Erwerbung der Vogteigewalt über das Stift Münster von den Grafen von Tecklenburg durch seinen Vorgänger Ludwig I. von Wippra genehmigte. Als 1197 die Stadt durch einen weiteren großen Stadtbrand komplett niederbrannte, wurde es den Handwerkern und Händlern verboten, sich wieder innerhalb der Domburg anzusiedeln. Sie siedelten sich daher auf den östlich gelegenen Märkten an und legten damit den Grundstein für den Aufstieg Münsters, wie der Name der Stadt aus Quellen des Jahres 1206 erstmalig belegt wird, zu einem wichtigen Handelsplatz in Westfalen. Zeitgleich mit dem Wiederaufbau der Stadt wurde auch der Bau einer äußeren Stadtmauer um die Marktsiedlungen beschlossen, um auch die Händler vor möglichen Angreifern verteidigen zu können.

Diese Stadtmauer war acht bis zehn Meter hoch, über 4&nbsp;km lang und mit einem vorgelagerten Graben versehen. Zur Sicherung der Mauer und der zehn Stadttore existierten in deren Verlauf sechs Türme. Im 14. Jahrhundert wurde sie durch einen Außenwall und zweiten Graben zusätzlich verstärkt. Der Verlauf der Stadtmauer ist in etwa durch die Promenade gekennzeichnet. Mit 104&nbsp;ha war Münster zu dieser Zeit die flächenmäßig größte Stadt Westfalens, gefolgt von den damals bedeutendsten Städten Münster heran. Mit einigen dieser genannten Städte wurde Münster zu den wichtigsten Städten der Hanse in Westfalen.

=== Zeit der Städtebünde und der Hanse ===
thumb|right|150px|Das historische Rathaus am Prinzipalmarkt
Gegen Mitte des 13. Jahrhunderts schlossen sich die mächtigen Städte zu Städtebünden zusammen, um der Ohnmacht des Kaisers und der herrschenden Anarchie im Heiligen Römischen Reich entgegenzuwirken. Ziel war es, den freien Zugang zu den Märkten zu sichern und eine Schutzgemeinschaft gegenüber Angreifern einzurichten. So schloss sich Münster am 22. Mai 1246 mit den Städten Osnabrück, Minden, Herford und Coesfeld zum Ladbergener Städtebund sowie im Jahre 1253 mit Dortmund, Soest und Lippe zu einem weiteren westfälischen Städtebund zusammen. Diese Bündnisse stellten die ersten Vorläufer der Hanse in Westfalen dar und führten zu einem andauernden wirtschaftlichen Aufschwung. Münster stieg zu einer bedeutenden Handelsstadt in Westfalen auf und der Einfluss der Händler und Kaufleute auf die Stadt wuchs. Nachdem die Bürgerschaft sich bereits während des frühen 13. Jahrhunderts die Aufsicht über Handel und Gewerbe sowie die Akzise sicherte, stellte sie im Jahre 1270 bereits ein erstes militärisches Aufgebot der Stadt. Durch einen Vertrag mit Fürstbischof Everhard von Diest aus dem Jahre 1278 gelangte Münster in den Besitz weiterer Privilegien und erschien auf dem Landtag erstmals als Stand. Die ersten landesrechtlichen Privilegien sicherte sich die Stadt im Jahre 1309, als der damalige Fürstbischof und Landesherr Konrad I. von Berg auf sein Recht am Nachlass minderfreier Bürger verzichtete.

Zeugen von diesem wirtschaftlichen und politischen Aufschwung sind der größere Neubau der bürgerlichen Marktkirche St. Lamberti ab 1375 und das gegen Ende des 13. und Anfang des 14. Jahrhunderts erbaute gotische Rathaus in direkter Sichtlinie zum Dom, das die politische und rechtliche Eigenständigkeit der Stadt gegenüber dem Bischof demonstrieren sollte. Ebenfalls in diesem Jahrhundert entstand eine weitere wichtige Kirche in Münster, die 1340 erbaute Liebfrauenkirche westlich der Domburg, nachdem ihre beiden Vorgänger jeweils komplett zerstört worden waren. Da sie auf der gegenüberliegenden Seite der Aa liegt („Über den Wassern“), ist sie auch unter dem Namen ''Überwasserkirche'' bekannt.

thumb|left|150px|Einer der Steine aus den Hansestädten
Im Jahre 1368 wurde Münster erstmalig als Mitglied der Salzstraße, Münsters ältestem Handelsweg, mit Messing umrandete und in das Pflaster eingelassene Originalsteine aus allen Hansestädten mitsamt deren Stadtwappen an die Bedeutung der Stadt innerhalb der Hanse.
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=== Die Stiftsfehde 1450 bis 1457 ===
Zur zuvor genannten Stiftsfehde kam es nach dem Tod des münsterschen Bischofs Heinrich II. von Moers. Zur Wahl seines Nachfolgers traten im Teil des Hochstifts zwei Kandidaten an. Diese waren auf der einen Seite Walram von Moers, der von seinem Bruder und Erzbischof von Köln, Domherren erhielt. Auf der anderen Seite standen die Grafen von Hoya, die Stadt Münster, ein großer Teil der Geistlichen und später auch ein Teil der Domherren. Nachdem bereits Graf Johann von Hoya zum Stiftsverweser gewählt worden war, sollte dessen Bruder Erich von Hoya der neue Bischof von Münster werden. Begünstigt wurde er unter anderem in einem von Graf Everwin von Bentheim-Steinfurt am 13. Oktober 1450 durchgeführten Vergleich. Zudem hatte der Stiftsverweser Graf Johann von Hoya die wichtigsten Landesburgen in seiner Gewalt. Letztendlich wurde ein Appell an Papst Nikolaus V. gerichtet, in dem Streitpunkt zu entscheiden. Entgegen dem zuvor geschlossenen Vergleich bestimmte er jedoch Walram von Moers zum neuen Bischof.

In der Mitte des Jahres 1451 spitzte sich die Situation weiter zu, nachdem sich Johann von Hoya am 11. Juni 1451 durch den ''Vertrag von Hausdülmen'' mit Herzog Johann I. von Kleve gegen den vom Papst zum Bischof erklärten Walram von Moers und seinen Bruder, den Erzbischof von Köln, verbündete und sie ihnen am 9. Juli 1451 den Krieg erklärten. Nachdem sich zusätzlich die Stadt Münster den am selben Tag von König Friedrich III. erteilten Befehl Walram von Moers als Bischof anzuerkennen widersetzte, flammten in den darauffolgenden Monaten die Kämpfe auf und Münster sowie die Anhänger von Hoya wurden exkommuniziert und mit einem Interdikt belegt. Dennoch fiel auch mit Vreden einer der letzten Stützpunkte Walrams in die Hände von Johann von Hoya.

Ab dem Jahr 1453 begann sich das Blatt zu wenden und Walram von Moers gewann langsam die Oberhand. Johann von Hoya sah sich daher gezwungen, gegen die Bürger von Münster und den Rat der Stadt vorzugehen. Dieses Vorgehen wurde vom Hansetag am 17. Oktober 1454 scharf kritisiert und Münster aus der Hanse ausgeschlossen, solange die alte Ratsverfassung der Stadt nicht wiederhergestellt werden würde. Auch kriegerisch waren Walram und Dietrich von Moers weiter auf dem Vormarsch, nachdem sie am 18. September 1454 einen Sieg gegen die Truppen der gegnerischen Partei erlangten. Allerdings konnte keine der beiden Parteien einen entscheidenden Sieg erlangen. Auch nachdem der vom Papst zum Bischof ernannten Walram von Moers am 3. Oktober 1456 starb, strebten weiterhin zwei Kandidaten nach dem Amt des Bischofs. Neben Erich von Hoya war der zweite Kandidat jetzt Konrad von Diepholz. Doch Papst Kalixt III. berief keinen von beiden zum neuen Bischof, sondern Johann von Simmern-Zweibrücken. Offiziell beendet wurde daraufhin die Stiftsfehde am 23. Oktober 1457 durch den ''Kranenburger Vertrag'', nachdem Erich von Hoya mit einer lebenslangen Rente abgefunden wurde und die Stadt Münster den neuen Bischof anerkannte.

== Neuzeit ==
thumb|center|800px|Blick von Süd-Westen auf Münster, eine Arbeit von Remigius Hogenberg aus dem Jahr 1570 basierend auf einer älteren Zeichnung von Hermann tom Ring. Links die Überwasserkirche noch mit der ursprünglichen Turmhaube, mittig der St.-Paulus-Dom, rechts davon die Lambertikirche und rechts außen die Ludgerikirche. Im Vordergrund vor dem Dom das Neuwerk als Teil der Stadtbefestigung am Eintritt der Aa in die Stadt.

=== Zeit der Reformation ===
Die Bürgerschaft der Stadt Münster versuchte in mehreren Anläufen, sich von der bischöflichen Obrigkeit zu emanzipieren und reichsstädtischen Status zu erlangen, insbesondere nach der durch kriegerische Auseinandersetzungen, Not und politischen Wirren gegen Ende des Mittelalters in den ersten Jahren des 16. Jahrhunderts. Viele Menschen erwarteten das baldige Ende der Welt, das Jüngste Gericht sowie das Neue Jerusalem und suchten Wege zur Erlösung in der Kirche und dem Glauben. Als Reformationsbewegung im Heiligen Römischen Reich. Gegen Ende der 1520er-Jahre erreichte diese Bewegung Münster.

Im Jahre 1529 begann der Kaplan und Prediger St.-Mauritz-Kirche seine Predigten mit Elementen der reformatorischen Lehre zu halten. Nachdem er 1531 von Bildungsreisen nach Wittenberg, Krameramtshaus.

thumb|right|150px|Bekämpfer der Täuferbewegung in Münster: Fürstbischof Franz von Waldeck
Nachdem der regierungsmüde gewordene Bischof Friedrich III. von Wied nach dieser Zuspitzung abdankte und sein Nachfolger, Bischof Erich von Braunschweig-Grubenhagen, nach nur eineinhalb Monaten im Amt verstarb, wurde Franz von Waldeck der neue Bischof von Münster, der prinzipiell der Reformation offen gegenüberstand. Allerdings musste er sich dem münsterschen Domkapitel gegenüber verpflichten, die neue Lehre zu unterdrücken und zu bekämpfen. So belegte er im Sommer des Jahres 1532 die Stadt mit wirtschaftlichen Sanktionen, nachdem der Rat der Stadt der Forderung der Bürgerschaft nachgab, geeignete Prediger für die Lehre der Reformation in allen Pfarrkirchen bereitzustellen und somit zum lutheranischen Bekenntnis übergegangen war. Als diese Sanktionen jedoch keine Wirkung zeigten, gewährte er Münster am 14. Februar 1533 im „Dülmener Vertrag“ die Glaubensfreiheit.

Mittlerweile hatte sich Rothmann jedoch weit von der ursprünglichen Lehre Luthers entfernt und der Theologie von Lambertikirche, die Kindertaufe verweigerte und der Rat die Kirchen schließen ließ, kam es im November zu weiteren Unruhen. Daraufhin wurde vom Rat der Stadt eine „Zuchtordnung“ ausgegeben, die jeden Bürger dazu verpflichtete, nach den in den Evangelien überlieferten Geboten Gottes zu leben. Die Kritik an der Kindertaufe und dem Abendmahl wurde unter Strafe gestellt. Noch im Dezember 1533 wurde sie gedruckt und verteilt. Das Titelblatt zierten unter anderem die Buchstaben „V.D.M.I.E.“ für „Verbum Domini Manet In Eternum“, dem protestantischen Schlachtruf „Das Wort des Herrn bleibt in Ewigkeit.“ Mit dieser „Zuchtordnung“ unterstrich die Stadt ihr Bekenntnis zum lutheranischen Glauben und stellte sich noch einmal deutlich gegen katholische geistliche Obrigkeit. Doch war die Bewegung der Täufer nicht mehr aufzuhalten, die sich zu Beginn des Jahres 1534 in Münster ausbreiten sollte.

=== Täuferreich ===
→ ''Hauptartikel: Täuferreich von Münster''
right|thumb|150px|Körbe der Täufer an der Lambertikirche

Ab 1534 folgte die dramatische Episode der Täuferherrschaft, als ab Januar aus den Niederlanden Gruppen zugezogen waren, die die Erwachsenentaufe propagierten und die Errichtung des „Neuen Jerusalem“ der Endzeit anstrebten. Anführer dieser Gruppe war der ehemalige Bäcker Jan Mathys. Die inzwischen mehrheitlich lutherische Bevölkerung stand dieser Lehre offen gegenüber. Der praktisch aus der Stadt vertriebene Bischof Franz von Waldeck forderte die Stadt auf, die „Wiedertäufer“ auszuliefern. Diese weigerte sich jedoch und stellte sich auf die Seite der Prediger. Am 23. Januar ließ von Waldeck den Begründer der Täuferbewegung in Münster, Bernd Rothmann, verhaften und begann mit den Vorbereitungen zur Belagerung der Stadt. Den daraufhin folgenden „Gegenangriff“ der Täufer am 15. Februar 1534 konnte er jedoch auf Burg Schöneflieth bei Greven abwehren.

thumb|left|150px|Der „König“ von Münster: Jan van Leyden
Nach dem Sieg der Täuferpartei in den Ratswahlen am 23. Februar 1534 und der damit verbundenen Machtübernahme der Täufer kam es zu Bücherverbrennungen und Bilderstürmen, wobei unter anderem die erste astronomische Uhr im Dom zerschlagen wurde. Außerdem wurde das Geld abgeschafft und wenig später im Juli die Jüngste Gericht an Ostersonntag, dem 5. April 1534, nicht stattgefunden hatte, versuchte er durch einen Ausfall aus der Stadt die Belagerer zu vernichten. Bei diesem Versuch wurde er getötet. Sein Nachfolger wurde Neue Jerusalem“ wäre. Er ließ sich daher im September 1534 durch den Warendorfer Goldschmied Johann Dusentschuer zum König des sogenannten „Königreich Zion“ krönen, weshalb Münster sich „Königsstadt“ nennen darf.

thumb|400px|Angriff auf Münster durch die Truppen von Fürstbischof Franz von Waldeck an Pfingsten 1534.
Die Lage in der belagerten Stadt spitzte sich weiter zu, so dass sogar die weiße Kalkfarbe von den Wänden der Kirchen abgekratzt und, mit Wasser verdünnt, als Milch verteilt worden sein soll. Trotz der starken Stadtbefestigung, derentwegen Münster als uneinnehmbar galt, wurde die ausgehungerte und in chaotische Zustände geratene Stadt schließlich unter massiver Gegenwehr durch Verrat am 24. Juni 1535 eingenommen, als der Schreiner Heinrich Gresbeck mit ein paar Landsknechten das „Kreuztor“ in der Stadtmauer öffnete. Dabei kam es zu einem Blutbad unter den Täufern. Am 22. Januar 1536 wurden die drei Führer der Täufer, Jan van Leyden, sein Statthalter Rathaus gefoltert und hingerichtet. Um ein Zeichen zu setzen, wurden ihre Leichen in drei eisernen Körben an der Lambertikirche aufgehängt, deren Originale dort noch immer hängen. Fälschlicherweise werden diese oft auch als Käfige bezeichnet. Gründe hierfür sind vor allem Berichte von auswärtigen Autoren und Besuchern, die ab dem Ende des 18. Jahrhunderts mit negativ besetzten Begriffen über die Herrschaft der „Wiedertäufer“ berichteten, sowie Übersetzungsfehler lateinischer Handschriften über das Täuferreich.<!-- Vor dem Ändern des vorangegangenen Absatzes bitte auch die Diskussionsseite zu Münster (Westfalen) lesen, Abschnitt „Körbe bzw. Käfige an der Lambertikirche“. -->

=== Folgen der Täuferherrschaft, Blüte der Bürgerstadt und Gegenreformation ===
Als Folge der Täuferherrschaft ließ Bischof Franz von Waldeck den evangelischen Gottesdienst unterdrücken und entzog Münster sämtliche Rechte, darunter unter anderem die freie Ratswahl, Gerichtsbarkeit, Militärhoheit, Aufsicht über die Stadtverteidigung, Gesetzgebung und Steuererhebung. Die Mitglieder des Rates wurden fortan von ihm selbst bestimmt. Dies änderte sich jedoch 1541, als der Bischof auf die Unterstützung der Stadt angewiesen war. Als Dank gab er ihr einige Rechte und Privilegien zurück. Im Jahre 1553 folgten letztendlich auch wieder die freie Ratswahl und das Recht auf Bildung von Gilden. Somit lag die Kontrolle der beiden einflussreichsten Gruppen wieder in der Hand der Bürger: Der Rat der Stadt verstand sich als Stadtregierung und besaß maßgeblichen Einfluss auf die Politik ihres fürstbischöflichen Landesherren. Die Gilden ihrerseits hatten in vielen Fragen und Entscheidungen des Rates ein Mitbestimmungsrecht, darunter bei der Steuererhebung und der Stadtverteidigung. Zudem sorgten sie mit der 1557 wiedereingeführten „Großen Schützenbrüderschaft“ auch für die Ausbildung des Aufgebots an Bürgern, die zur Verteidigung der Stadt beitrugen.

Nachdem die Bevölkerung während der Herrschaft der Täufer von 10.000 bis 12.000 Einwohnern auf 3.000 bis 4.000 zurückgegangen war, erreichte sie jedoch innerhalb von nur 60 Jahren wieder ihren alten Stand. Gleichzeitig stieg der Wohlstand in Münster, das gegen Ende des 16. Jahrhunderts ihre Blütezeit als Bürgerstadt erlebte. Maßgeblichen Einfluss auf diese Entwicklung hatten die vielen Kirchen, Klöster und andere kirchliche Einrichtungen, die mit ihren wohlhabenden Geistlichen eine große Zahl an Abnehmern von Lebensmitteln, Textilien und Luxusgütern stellten. Aber auch durch die Verwaltungs- und Gerichtsreformen zwischen 1571 und 1574 durch Bischof Dreißigjährige Krieg in Europa ausbrach.

thumb|right|Die St.-Petri-Kirche der Jesuiten
Während die weltliche Entwicklung klar in eine Richtung ging, war dies bei der religiösen für lange Zeit nicht ersichtlich. Weder die Bischöfe noch die Landesstände wollten mit den Erinnerungen an das Täuferreichs im Hinterkopf einen erneuten Konflikt zwischen Katholiken und Protestanten heraufbeschwören. Erst mit der Wahl des Kölner Erzbischofs Ernst von Bayern zum Bischof von Münster im Jahre 1585 setzte sich die katholische Glaubensrichtung durch. Gegen den Willen des Stadtrates setzte er 1588 die Gründung einer Niederlassung des Paulinum, die traditionsreiche Domschule, übernehmen. Die Hauptaufgabe des Ordens in der Zeit des 16. Jahrhunderts lag vor allem in der systematischen Glaubensunterweisung, der Jesuitenkolleg. Die Übernahme des Paulinums war deshalb von Vorteil für die Anhänger der Gegenreformation. Insbesondere durch die 1150 Schüler, die es im Jahre 1592 zählte und gut ein Zehntel der Bevölkerung darstellte, sollte Münster innerhalb von nur einer Generation wieder zu einer rein katholischen Stadt werden. Unterstützend wirkten sich zudem die zwischen 1612 und 1624 gegründete Klöster der Kapuziner, Klarissen und Observanten aus. Die letzten verbliebenen Protestanten wurden endgültig unter Fürstbischof Ferdinand von Bayern und auf Befehl des Stadtrates im Jahre 1628 aus der Stadt verwiesen.

=== Westfälischer Friede ===
→ ''Hauptartikel: Westfälischer Friede''
thumb|left|Vogelschau auf Münster im Jahre 1636

thumb|right|Der spanische und die niederländischen Gesandten beschwören im Rathaus zu Münster den spanisch-niederländischen Friedensvertrag.

Münster spielte eine wichtige Rolle im Dreißigjährigen Krieg. Zwar wurde die Stadt zweimal von den Hessen in den Jahren 1633 und 1634 belagert, durch den weiter vorangetriebenen Ausbau der Stadtbefestigung gegen Ende des vorangegangenen Jahrhunderts blieb Münster jedoch die Eroberung und Plünderung sowie die Zerstörung durch feindliche Truppen erspart. Ansonsten blieb Münster und das Graf von Tilly vernichtend geschlagen worden war. 

Dies sind vermutlich auch die Gründe, warum genau hier der Westfälische Friede geschlossen wurde, der in Münster und Ferdinand III. am 25. Dezember 1641 im Hamburger Präliminarvertrag zu. Nachdem die Stadt und deren Bürger offiziell hierzu gefragt wurden und dem Vorschlag zustimmten, entband Reichshofrat Johann Krane am 27. Mai 1643 Münster von den Verpflichtungen gegenüber Reich und Landesherren. Sie wurde damit für die Zeit des Kongresses zu einer neutralen Stadt.

Die Verhandlungen fanden abwechselnd in den Quartieren der beteiligten Gesandten statt. Am 30. Januar 1648 konnte der spanisch-niederländische Friedensvertrag im Quartier der Niederländer, dem heutigen Graf Peñaranda hatte sich zu diesem Anlass die Ratskammer im Erdgeschoss des Rathauses der Stadt erbeten, die später ''Friedenssaal'' genannt wurde. Der Achtzigjährigen Krieg der Niederländer um ihre Unabhängigkeit von den Spaniern und kann als Geburtsstunde der Niederlande gesehen werden.

Die Friedensverhandlungen in Münster und Osnabrück zwischen dem Kaiser, den Reichsständen, den Schweden und den Franzosen zogen sich noch bis zum Herbst hin. Am 24. Oktober 1648 wurden schließlich in Münster die Friedensverträge unterschrieben und am 18. Februar 1649 die Ratifikationsurkunden ausgetauscht. Damit war der Dreißigjährige Krieg endgültig beendet und der Westfälische Friede geschlossen.

Die historische Inneneinrichtung des Friedenssaals ist auch heute noch zu bewundern, da sie vor der fast vollständigen Zerstörung des Rathauses und des Zweiten Weltkriegs ausgelagert worden war. Einzig der Kamin entspricht nicht mehr dem Original.

=== Stadt gegen Fürstbischof ===
Zur Zeit des Westfälischen Friedens hatte Münster den Höhepunkt seiner städtischen Unabhängigkeit erreicht und die Stadt war sehr bemüht, diese Unabhängigkeit zu behalten und weiter auszubauen: Am 11. September 1647 richtete die Stadt Münster ein offizielles Schreiben an Kaiser Ferdinand III., ihr weitergehende Rechte zu verleihen. Diese sollten unter anderem das Freien Reichsstadt erhoben worden. Ein Konflikt mit dem fürstbischöflichen Landesherrn war unausweichlich. Seit dem Jahre 1650 war dies Christoph Bernhard von Galen, auch als ''Kanonenbischof'' bekannt.

Zur ersten Konfrontation zwischen der Stadt und dem Fürstbischof kam es im Jahre 1654. Der Versuch von Galens, seinen Kontrahenten Bernhard von Mallinckrodt bei der Bischofswahl 1650 verhaften zu lassen, scheiterte, als der Rat der Stadt ihm die Unterstützung verweigerte. Der anschließende Versuch, Münster in einem militärischen Handstreich einzunehmen, scheiterte ebenso und führte am 25. Februar 1655 zum ''Vertrag von Schöneflieth'', benannt nach der Burg Schöneflieth am südlichen Ufer der Ems in Greven, wo der Vertrag geschlossen wurde. Dieser Vertrag war im Wesentlichen ein Kompromiss zwischen dem Fürstbischof und der Stadt Münster und gestattete es von Galen, 450 Infanteriesoldaten und 100 Reiter innerhalb der Stadt zu stationieren. Diese mussten jedoch auch auf die Stadt vereidigt werden, so dass von ihnen letztendlich keine Gefahr ausging.

thumb|700px|center|Die Belagerung von Münster im Jahr 1657 – Radierung von Caspar Merian
Aufgrund weiterhin anhaltender Spannungen zwischen der Stadt und Fürstbischof Christoph Bernhard von Galen suchte sie nach Verbündeten. Als der Stadtsyndicus Nikolaus Drachter am 9. August 1657 von Verhandlungen aus den Niederlanden zurückkehrte, ließ von Galen ihn verhaften. Die Stadt verwehrte ihm daraufhin den Zugang und forderte die sofortige Freilassung von Drachter. Als Reaktion belagerte am 20. August 1657 der Fürstbischof die Stadt das erste Mal und setzte hierbei vor allem auf den Beschuss mit Artillerie. Seine Aufforderung zur Kapitulation am 6. September wurde zurückgewiesen. Auf das Gerücht, ein holländisches Heer eile der Stadt Münster zu Hilfe, brach von Galen die Belagerung ab. Das Ende der Belagerung durch den ''Geister Vertrag'' vom 21. Oktober 1657 stellte für ihn faktisch eine Niederlage dar.

thumb|left|300px|Plan der Belagerung im Jahre 1657
framed|right|Der siegreiche Fürstbischof Christoph Bernhard von Galen
Eine Wende in der Geschichte brachte der Winter 1659/60, als der Kaiser Münsters Wunsch auf das Besatzungsrecht ablehnte und gleichzeitig untersagte, nach Verbündeten im Ausland zu suchen. Fürstbischof Christoph Bernhard von Galen nutzte diese Entwicklung und begann am 20. Juli 1660 mit der zweiten Belagerung von Münster. Da keine Unterstützung für die Stadt in Sicht war, litt sie bald darauf unter Finanznot und Lebensmittelknappheit. Auch das Einschmelzen des Tafelsilbers, die Aufnahme von Krediten bei den Bürgern und das Prägen von Aa unterhalb der Stadt aufstauen ließ und es innerhalb der Stadt zu Überschwemmungen kam. Aufgrund der hoffnungslosen Situation und mangels Aussicht auf Unterstützung von außerhalb übergab der Rat der Stadt dem Fürstbischof am 26. März 1661 die Stadt. Der Rat musste eine Erklärung unterschreiben, die faktisch das Ende der städtischen Autonomie bedeutete: Die Stadt verpflichtete sich, keine Kontakte zu ausländischen Mächten mehr aufzunehmen und die Kontakte zu den Niederlanden abzubrechen. Neben der Beteiligung an den Steuereinnahmen hatte Münster zudem die Summe von 45.000 Reichstalern an den Fürstbischof zu entrichten.

Weitere Folge des Konflikts war die Abtragung der westlichen Stadtmauer und die Ergänzung um eine Zitadelle in diesem Bereich durch den Bischof, der so seinen Machtanspruch gegenüber der Stadt durchsetzte. Als offene Provokation der Bürger richtete er zudem im Rathaus ein bischöfliches Wachlokal ein und umgab den Vorplatz des Gebäudes mit einem Palisadenzaun. Die Bürger verloren nahezu alle Selbstverwaltungsrechte, als auch die freie Ratswahl abgeschafft und die Ratspositionen durch den Fürstbischof vergeben wurden. Sogar die Gilden ließ von Galen entmachten. Erst während der Zeit des Fürstbischofs Ferdinand von Fürstenberg in den Jahren von 1678 bis 1683 wurden Münster die Selbstverwaltungsrechte teilweise zurückgegeben.

=== Siebenjähriger Krieg und seine Folgen ===
thumb|right|Das fürstbischöfliche Schloss und heutiger Sitz der Universität in Münster.
Im Siebenjährigen Krieg war Münster als Unterstützer von Hannover sowie deren Gegnern Franz Freiherr von Fürstenberg, Minister für das Fürstbistum Münster unter Fürstbischof Maximilian Friedrich von Königsegg-Rothenfels, nach dem Ende des Krieges im Jahr 1764 die Schleifung der Befestigungsanlagen an. Münster sollte somit eine offene Stadt sein und damit weiteren Zerstörungen und Verwüstungen entgehen.

Auf Wunsch der Münsteraner Bevölkerung genehmigte der Fürstbischof im Jahre 1767 den Bau eines fürstbischöflichen Residenzschlosses am Ort der abgetragenen Zitadelle, dessen Bauarbeiten sich bis ins Jahr 1787 hinzogen. Erbaut wurde es –&nbsp;bis zu seinem Tod im Jahre 1773&nbsp;– durch Promenade umwandelte. Ebenfalls in fürstbischöflicher Verantwortung wurde 1773 die Entscheidung gefällt, eine Landesuniversität zu schaffen, die ihren Lehrbetrieb mit der Gründung am 16. April 1780 aufnahm und aus der sich später die Westfälische Wilhelms-Universität entwickelte. Maßgeblichen Anteil daran hatte Franz Freiherr von Fürstenberg, der Generalvikar und ständige Vertreter des Erzbischofs von Köln und Bischofs von Münster, Maximilian Friedrich von Königsegg-Rothenfels. Weiterhin war er maßgeblich an der Entwicklung des Steuersystems sowie des Rechts- und Gesundheitswesens beteiligt.

Von Wilhelm Ferdinand Lipper stammte auch das ''Komödienhaus'', Münsters erstes Theater. Eröffnet wurde es 1775 am Roggenmarkt, finanziert von der münsterschen Bürgerschaft. Ein bekannter Künstler war Hindenburgplatzes.

Ende des 18. Jahrhunderts wirkte sich die Friedens von Basel, in dem der norddeutsche Raum neutralisiert wurde, wirkten sich die Revolutionskriege zunächst nicht unmittelbar auf Münster aus. Dies sollte sich jedoch nur kurze Zeit später zu Beginn des 19. Jahrhunderts ändern.

=== Münster unter der Herrschaft Preußens ===
thumb|upright|Münsters letzter Fürstbischof: Maximilian Franz von Österreich
In einem Vertrag vom 23. Mai 1802 einigten sich französischen Revolutionskriegen abgetretenen linksrheinischen Gebiete entschädigt werden soll. Dazu wurde Preußen in Westfalen, neben dem Essen, Werden und Herford, die östliche Hälfte des Oberstifts Münster einschließlich der Hauptstadt Münster zugesprochen. Der Immerwährende Reichstag und der Kaiser des Heiligen Römischen Reiches Deutscher Nation mussten diesem Vertrag jedoch zustimmen.

Preußen wartete jedoch den sogenannten Reichsdeputationshauptschluss nicht ab. Ein Jahr nach dem Tode des letzten Fürstbischofs von Münster, Maximilian Franz von Österreich, rückte am
3. August 1802, dem 32. Geburtstag des preußischen Königs Friedrich Wilhelm III., General Gebhard Leberecht von Blücher mit seinem 
Hochstift Münster wurde aufgelöst, und der östliche Teil, und damit auch die Stadt Münster, kam an Preußen. Heinrich Friedrich Karl Freiherr vom Stein war für die Säkularisation zuständig; er begann daraufhin eine Verwaltung nach preußischem Vorbild in der Stadt zu errichten. Diese ersten Bemühungen waren jedoch nicht von langer Dauer.